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(無題) 削除/引用 No.2389-4 - 2013/09/24 (火) 08:36:18 - HIH 明確な回答ありがとうございます。 細胞名・ChIP-Seqに用いた抗体ということですね。

(無題) 削除/引用 No.2389-3 - 2013/09/23 (月) 17:10:21 - qq GEOのThioMac-PU.1（ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM537983）を探すとなにかわかりそうです。 AP-1(bZIP)/ThioMac-PU.1-ChIP-Seqは、スラッシュの前後で別れていて、 前半は、そのまま転写因子名で、きっとChIPSeqのIPターゲットでしょう。スラッシュ後半は、用いた細胞名＋条件名になっているようです。 以下はHomerのHPから見つかりますが、 （ttp://biowhat.ucsd.edu/homer/custom.motifs） >ATGACTCATCAP-1(bZIP)/ThioMac-PU.1-ChIP-Seq(GSE21512)/Homer 0.4190.2750.2770.028（＜＝左からA：C：G：T） 0.0010.0010.0010.997 ...................... ...................... ChIP-Seqの生データのようですから、ATGCの配列そのものよりも、その後に続く塩基配列確率のようなマトリックスのほうが、大切そうです。 聞いていることはこんなことですか？

DNA結合モチーフ名 削除/引用 No.2389-1 - 2013/09/23 (月) 16:13:35 - HIH DNAモチーフの名前についてです。 例えば AP-1(bZIP)/ThioMac-PU.1-ChIP-Seq というモチーフ名の配列があるとして、どのように解釈すれば良いでしょうか？ AP-1やPU.1といった転写因子が結合しそうな気はするのですが… ご教授いただければ幸いです。

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