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(無題) 削除/引用 No.2523-6 - 2013/11/11 (月) 00:37:08 - K アドバイス本当にありがとうございます。 実験に関してはまったくの初心者でうまく伝えることができずすみませんでした。 僕が行っていたのは、一般的な方法だと思いますが、Image>Adjust>Thresholdをして、うまく細胞を１つ１つ認識させることができなかったので、imageJにあるペンツールで細胞の輪郭をなぞってみましたが、それでもだめでした。 qq様、NUPD様、非常にわかりやすく教えていただき、なんとかうまく測れました！ありがとうございました！

(無題) 削除/引用 No.2523-5 - 2013/11/08 (金) 09:22:49 - qq 手書きは正攻法ではあるが、面倒くさがりの私は細胞の輪郭抽出を試す。 １）image>typeでRGBスタックから適当なカラーチャンネルを取り出し、8bit化する。 ２）image>adjustのthresholdで値を二値化する。（やや太めに設定する） ３）ゴミドットが残るようであれば、process>noiseでDespeckleする。 ４）process＞binaryのskeletonizeで輪郭線に変換する。 ５）同じく、dilateして線を太くする。 ６）足りない線があれば、仕方ないので自分でレタッチする。後で、もう一度、thresholdで２値化する必要があるかもしれない。 ７）invertで反転して、網目を白く、網の中を黒くする。 ８）Analyze Particleで測定する。Sizeを0ー無限ではなく、適当な値に変更する。 まあ、どうやっても良いのではないかと思います。 画像に依存するので、うまくいくかは解らない。 www.rikenresearch.riken.jp/jpn/research/7216.htmlの図１の画像であれば、 500pixel以上の細胞を94個数えることができます。 左が40細胞で平均5627px +/- 4653px 右が54細胞で平均4005px +/- 1898px 作業の４),５)は、バラバラの細胞であれば必要ないだろう。AnalyzeParticleは、黒いオブジェクトを計測するようなので、そうなるようにする。

(無題) 削除/引用 No.2523-3 - 2013/11/07 (木) 05:55:01 - NUPD 僕が行ったのは以下の方法です。 まずは前もって顕微鏡下で特定の長さとそのピクセル数を調べます。 (x10の場合、x20の場合などそれぞれでやっておくと後で便利です。) これでそのレンズの倍率下における100um辺り何ピクセルというのが出ます。　 その後Analyzeからset scaleを開きその長さとピクセル数をセットします。 次に測定したい写真をImageJで開きます。 Freehand selectionを選択し、測定したい細胞の境界線(細胞膜ですね)を フリーハンドでなるべくきれいになぞります。 AnalyzeからMeasureをクリックすれば面積が出ます。 (測定は“M”をクリックするだけでも“Control+M”でもできます。) １sectionごとに特定の細胞数を測定し(100細胞とか200細胞とか)、 また数枚のsectionを測定します。 ここから先は個人の好みなのですが、 最後に特定のサイズのカテゴリに分けて分布を示したり、 全細胞の平均値を出すなりしてください。 これでmouse１匹分の細胞サイズの測定ができます。 これを各グループ(Genotype、condition等々)数匹ずつ繰り返し 各グループの平均値を出し、それぞれを比較します。 我々はこのような感じでやりました。 ただ数年前ですので最新バージョンのImageJが どうなってるかはわかりませんが大きな変化はないと思います。 細胞数については重量あたりなのか面積辺りなのか 何を基準にした細胞の数を測定したいのかはっきりしないので ひとまずここでは触れないでおきます。

(無題) 削除/引用 No.2523-2 - 2013/11/06 (水) 22:49:06 - qq １）ImageJの操作を簡潔に記述しないと状況がわからない。 ２）あなたの試料そのものか、何らかのサンプルデータ（Googleで画像検索しても良いでしょ？）がないと、問題点を共有できない。 ３）「白色脂肪細胞を一つ一つ認識してくれないのです。」ではなくて、正確には、「私がやっても白色脂肪細胞を一つ一つ認識できないのです。」　ImageJは、「何かをやるソフト」だけど、「何かやってくれるソフト」ではない。 ４）とはいっても、ボードでの質問で画像操作の質問は困難なので、それほど期待できないかもしれない。でも誰か良い返答があるかも。

白色脂肪細胞数と面積の解析方法 削除/引用 No.2523-1 - 2013/11/06 (水) 18:38:19 - K imageJでの白色脂肪組織の細胞数と面積の測定をしようとしているのですがうまくできません。 細胞壁が薄いためか、白色脂肪細胞を一つ一つ認識してくれないのです。 文献をみると多くが、imageJを使用しているのですが、どのよう使って細胞数や面積を測定しているのでしょうか？ ご指導の程よろしくお願い致します。 検体はマウスの皮下脂肪でHE染色したものを使用しております。

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