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(無題) 削除/引用 No.2632-17 - 2013/12/09 (月) 18:29:46 - まい みなさま 私の勘違いもあったようで申し訳ございません。 しかし、皆様のおかげでなんとか私も後輩も納得できたようなので、とても感謝しています。ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.2632-16 - 2013/12/07 (土) 15:28:43 - ひとみしり 質問者さんの文が少しおかしいのですね。 1 kbに出る確率ではなくて，それぞれパリンドローム配列が確率的に16塩基に1回とか64塩基に1回出るというふうに書いた方が混乱しなかった思います。 それでもって，最後の結論にもっていった方がよかったかと思います。 パリンドロームという考え方としては結論はあっているのではないでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.2632-15 - 2013/12/07 (土) 15:16:29 - おお 4塩基あってパリンドロームになる確率は4x4x1x1ですよね。で4塩基の並び方総数で4x4x4x4。 16塩基に1回は現れる確率にならないか?

(無題) 削除/引用 No.2632-14 - 2013/12/07 (土) 15:15:26 - 774 僕もとっちらかしてしまってすみません。 後輩の問いがわからないんですが、 生物の教科書にありそうな計算問題・パリンドローム＝制限酵素サイトという前提で。 ４塩基cutterのサイトは 4*4*1*1/4*4*4*4=1/16 なので16塩基毎に出てくる。 ６塩基cutterのサイトは 4*4*4*1*1*1/4*4*4*4*4*4=1/64 なので64塩基毎に出てくる。 ８塩基cutterのサイトは 4*4*4*4*1*1*1*1/4*4*4*4*4*4*4*4=1/256 なので256塩基毎に出てくる。 ６、８塩基パリンドロームは必ず４塩基パリンドロームを含む。 4,6,8塩基cutterのいずれかが 何塩基毎に出るか？だったら、16塩基毎。が正解かと。 1kb以内に存在する確率は？だったら、下に書いた通りで（多分）、 何回出てくるか？だったら、ひとみしりさんの頻度が正解でしょう。

あらためまして 削除/引用 No.2632-13 - 2013/12/07 (土) 14:59:34 - ぺーぺー すみません。勘違いして数度投稿してしまいました。 とっちらかったので一度まとめてお答えします。 まず、パリンドローム=制限酵素サイトという認識に看過できない誤りがあります。 http://www.nebj.jp/jp/Catalogue/NEBJ2011-2012268_355Tec.pdf ↑の290ページを参照してください。4,6,8塩基のパリンドロームで制限酵素サイトになっていない配列はいくらでもあります。 その上で、 ・この計算から何を導きたいのか分かりません。 ・ご提示の式に1kbpという量がどのように現れているのか分かりません。 774さんご指摘のように、6塩基と8塩基については4塩基がパリンドロームなっていなければ考えなくても良いので最初は無視します。 単純にある4塩基がパリンドロームになる可能性であれば(4^2)/(4^4)=1/16となります。 従って4種類の塩基が均等かつ無作為に並ぶ1kbpの配列において4塩基のパリンドロームは(1000-3)*(1/16)を最頻値とする分布で出現します。

(無題) 削除/引用 No.2632-12 - 2013/12/07 (土) 14:46:55 - ひとみしり 簡単に考えると， 4塩基配列が存在したとき，この配列パターンは256通りになります。 このうち，特定の配列となる確率は1/256です。 しかし，パリンドローム配列は複数あります。 ぱっと思いつくものだけ挙げてみても10個は超えます。 10個としても，確率は1/25.6と上がります。 これは4 塩基配列を見ただけの確率であり，質問者は1 kbとしています。 単純に4塩基ずつ，配列をずらした場合は，この確率に250(1000/4)を乗する必要があると思います。 また，1塩基ずつずらすならば1000-3＝997？を乗する必要があります。 どちらがいいのですかね。 したがって，各塩基数における特定の配列となる確率にパリンドローム配列となる確率を乗じて，最低でも1000を各塩基数で除した値をかける必要があると思います。こうして出た値は確率というより出現頻度とした方がいいかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.2632-11 - 2013/12/07 (土) 14:33:52 - 774 間違ってます。すみません。 ４塩基パリンドロームが出ない確率が (15/16)^997、 出る確率が 1-(15/16)^997 で合ってますかね？

(無題) 削除/引用 No.2632-10 - 2013/12/07 (土) 14:31:17 - Tome >[Re:7] ひとみしりさんは書きました : > 4塩基で1 kbでは確率は100%ではないでしょうか？ どういう計算ですか？ >[Re:6] 774さんは書きました : > ８塩基のパリンドロームの中に４塩基・６塩基のパリンドロームも含まれる。 > ６塩基と４塩基も同様。 > なので、その重なりを引く必要があるんじゃないでしょうか？ > 8塩基中の4塩基や6塩基もそれぞれのパリンドロームとしてカウントするならば引く必要ないのでは？

(無題) 削除/引用 No.2632-8 - 2013/12/07 (土) 14:27:12 - 774 ４塩基パリンドロームが出てこない限り、６塩基・８塩基パリンドロームは出てこない。 なので、４塩基パリンドロームが出てこない確率を求めればいいってことかな。。。 1kb以内に４塩基パリンドロームが出ない確率は　(255/256))^997、 出てくる確率は 1-(255/256))^997　ってことで合ってますかね？

(無題) 削除/引用 No.2632-7 - 2013/12/07 (土) 14:26:25 - ひとみしり 4塩基における1/256の確率（1/4X4X4X4)は，4塩基にある1つの特定配列がくる確率で4塩基からなるパリンドローム配列が来る確率ではないでしょう。 この256パターンのうち，パリンドローム配列となる配列は結構ありますね。 簡単な計算でだせるのでしょうか？ 4塩基で1 kbでは確率は100%ではないでしょうか？ 出現頻度からすると複数箇所となりそうですが。

(無題) 削除/引用 No.2632-6 - 2013/12/07 (土) 13:56:57 - 774 ８塩基のパリンドロームの中に４塩基・６塩基のパリンドロームも含まれる。 ６塩基と４塩基も同様。 なので、その重なりを引く必要があるんじゃないでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.2632-5 - 2013/12/07 (土) 13:46:05 - ぺーぺー 普段は、1-(255/256)^(1000-3)として簡単に計算しています。 しかし、1-4塩基の配列と2-5塩基の配列は独立ではないので、この計算法は正しくないと思っています。 例示すると……： AATTという配列について考えると、最初の1-4塩基が該当しない時には、2がAでない場合であるや4がTでない場合がありうるので独立の問題としては計算出来ないんじゃないかと。

訂正 削除/引用 No.2632-4 - 2013/12/07 (土) 13:38:35 - ぺーぺー ごめんなさい。勘違いしていました。 正しくないのは分かりますが、ご提示の問題について正しい計算方法がすぐにでません。

(無題) 削除/引用 No.2632-2 - 2013/12/07 (土) 13:31:14 - ぺーぺー まったく正しくありません。 4base cutterの出現確率は、4種類の塩基が等しくでるとして4の4乗で256分の1です。

制限酵素サイトの間隔 削除/引用 No.2632-1 - 2013/12/07 (土) 13:25:45 - まい いつも勉強させて頂いています。後輩に勉強のことを質問されて困っています。質問されての以下のような内容のことを答えたのですが、、、 1kb以内に4塩基カッターの制限酵素サイト（パリンドローム）が出てくる確率は4x4x1x1/4x4x4x4=1/16 また1kb以内に6塩基カッターの制限酵素サイト（パリンドローム）が出てくる確率は4x4x4x1x1x1/4x4x4x4x4x4=1/64 そして、1kb以内に8塩基カッターの制限酵素サイト（パリンドローム）が出てくる確率は4x4x4x4x1x1x1x1/4x4x4x4x4x4x4x4=1/256 最後に1kb以内に4,6,8塩基カッターの制限酵素サイトがどれでもよいから出てくる確率は1/16+1/64+1/256=21/256 ゆえに1kb以内に4,6,8塩基カッターの制限酵素サイトのいずれかは 1kb x 21/256 = 82 bpくらいの間隔で見つかるということになる。 。。。というのは正しいのでしょうか？皆様のご意見よろしくお願いします。

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