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(無題) 削除/引用 No.2658-16 - 2013/12/16 (月) 13:59:51 - gel >分離ゲルに比べてアルコール存在かでしぼむからかな、、、 みかけ上、ゲル濃度と言うか架橋度合いが増えて、色素が移動しにくいってこと？？

(無題) 削除/引用 No.2658-15 - 2013/12/16 (月) 13:55:40 - o 濃縮ゲル、図で出すこともあるもんですね www.nature.com/nsmb/journal/v18/n1/fig_tab/nsmb.1948_F1.html

(無題) 削除/引用 No.2658-14 - 2013/12/15 (日) 10:03:45 - おお >[Re:7] 名無しさんは書きました : > ティッシュぺーパーとか、キムワイプのようなものを入れて脱色すると完全でないにしろある程度まで抜けます。 濃縮ゲル、キムワイプとかにこびりついたりしませんかねぇ。。。それかもしかしたらオリジナルよりアクリルアミドの濃度が若干たかいのかな?

(無題) 削除/引用 No.2658-13 - 2013/12/15 (日) 10:01:20 - おお >[Re:11] おおさんは書きました : > >[Re:9] モモさんは書きました : > > > > > 濃縮ゲルを見ないといけないと言う時点で、実験のデザインとしては失敗ですよね？ウエスタンなら高分子は転写できませんし。 > > それはそうですね、普通濃縮ゲルにものは期待しませんから。ただ期待してないところからでも情報が得られる可能性を考えると染めてもまんざらではないとおもいます。 あ、そうか。名無しにたいしてのコメントですか。。。でも本人その系でワークしているんだったら、いいんじゃないかなぁ。

(無題) 削除/引用 No.2658-12 - 2013/12/15 (日) 09:58:10 - おお >[Re:8] qqさんは書きました : > ＞濃縮ゲルの方が脱色しきれず色が残ります。 > ゲル自体の色なのか、ゲル中のタンパクやその他の成分なのか解りません。もう少し具体的な質問にしてほしい。 > 私が今使っている条件では、Upper-gel自体が脱色不十分であると感じません。脱色液の組成（MeOH-AcOH-DW=25:8:67）などで変わるでしょうから、そこも呈示しないと、議論にならない。 > 濃縮ゲルと分離ゲルは、同一のアクリルアミド-ビスアクリルアミド溶液を使っていますか？ > それとも、アクリルアミド：BISの比率が異なりますか？架橋度の違いが脱色速度に影響するかなあと思っています。 > えっと私の経験からいうと、分離ゲルと濃縮ゲルおなじ 30:1のbisで、濃縮と分離ゲルを同じ CBB染色液でそめて、同じ脱色液で脱色しても明らかに濃縮ゲルは脱色されにくいです。

(無題) 削除/引用 No.2658-11 - 2013/12/15 (日) 09:51:47 - おお >[Re:9] モモさんは書きました : > > 濃縮ゲルを見ないといけないと言う時点で、実験のデザインとしては失敗ですよね？ウエスタンなら高分子は転写できませんし。 それはそうですね、普通濃縮ゲルにものは期待しませんから。ただ期待してないところからでも情報が得られる可能性を考えると染めてもまんざらではないとおもいます。

(無題) 削除/引用 No.2658-10 - 2013/12/15 (日) 09:07:39 - 直輝 1000kDa近い高分子タンパクや変性したタンパクがウェルの底にあるのを見るのは個人的には「あり」だと思う。 薄いゲルを作るにしても３％以下は扱えないし、そうなるとアガロースとアクリルアミドの混成にしたり、長時間泳動したりする必要が出てくる。そういうのを毎回やるのは手間がかかるし、簡易的な解析で済ますこともあるんじゃないかな？ でも質問文を読む限り、そんな高度（？）な質問には思えなかったけど…。 それはともかく、濃縮ゲルに留まってしまうタンパクを見る必要がある場合、自分なら濃縮ゲルなし（つまり分離ゲルのみ）でやると思います。

(無題) 削除/引用 No.2658-9 - 2013/12/15 (日) 07:29:17 - モモ >高分子量蛋白質や、SDS抵抗性の重合体形成、UBL等の修飾による高分子量化などで濃縮ゲルやwellの下端に重要なものが来る可能性はあると思うので、私も濃縮ゲルも切らずに分離ゲルと合わせて観察しています。ウェスタンでも同様に濃縮ゲルも切り離さず転写を行っています。何か変でしょうか？ 濃縮ゲルを見ないといけないと言う時点で、実験のデザインとしては失敗ですよね？ウエスタンなら高分子は転写できませんし。 無用にメンブレンを大きくしたり、ゲルのかけらがメンブレンにこびり付く可能性など、試薬の無駄であったり、実験のトラブルの原因となったりするので、トラブルシューティングとしてすることはあっても、基本としては捨ててよいと思います。 高分子を見たいなら高分子がきちんと解析できる条件でゲルを作るべきでないでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.2658-8 - 2013/12/14 (土) 17:21:18 - qq ＞濃縮ゲルの方が脱色しきれず色が残ります。 ゲル自体の色なのか、ゲル中のタンパクやその他の成分なのか解りません。もう少し具体的な質問にしてほしい。 私が今使っている条件では、Upper-gel自体が脱色不十分であると感じません。脱色液の組成（MeOH-AcOH-DW=25:8:67）などで変わるでしょうから、そこも呈示しないと、議論にならない。 濃縮ゲルと分離ゲルは、同一のアクリルアミド-ビスアクリルアミド溶液を使っていますか？ それとも、アクリルアミド：BISの比率が異なりますか？架橋度の違いが脱色速度に影響するかなあと思っています。

(無題) 削除/引用 No.2658-7 - 2013/12/14 (土) 14:58:23 - 名無し ティッシュぺーパーとか、キムワイプのようなものを入れて脱色すると完全でないにしろある程度まで抜けます。 教員や上級の研究者の中には、濃縮ゲルは不要と言って捨てるように指導するひとが多いですが、高分子量蛋白質や、SDS抵抗性の重合体形成、UBL等の修飾による高分子量化などで濃縮ゲルやwellの下端に重要なものが来る可能性はあると思うので、私も濃縮ゲルも切らずに分離ゲルと合わせて観察しています。ウェスタンでも同様に濃縮ゲルも切り離さず転写を行っています。何か変でしょうか？

(無題) 削除/引用 No.2658-6 - 2013/12/14 (土) 11:08:38 - alpha 濃縮ゲルの染色をしている方はあまり見かけませんが・・・ 和光かどこかで、脱色を必要としない簡易的なCBBが売れてましたよね？ それなら濃縮ゲルも脱色しやすいのでは？ 水で洗うだけじゃなかったかな〜？ CBBが染まるのはタンパクが存在するからですよね。 んーよくわかりません。

(無題) 削除/引用 No.2658-5 - 2013/12/14 (土) 00:06:07 - おお 分離ゲルに比べてアルコール存在かでしぼむからかな、、、

(無題) 削除/引用 No.2658-4 - 2013/12/14 (土) 00:04:19 - おお まあ濃縮ゲルは見ない人がたいていだとおもいますが、そめて何か情報がえられるならそれはそれでよしなので、普通染めないでしょうと一笑するつもりは個人的にはありません。 ただたしかに脱色しにくいですよね。。。わたしもなぜかよくわかりません。

(無題) 削除/引用 No.2658-3 - 2013/12/13 (金) 22:55:02 - 直輝 濃縮ゲルは染色前に切って捨てましょう。

(無題) 削除/引用 No.2658-2 - 2013/12/13 (金) 16:56:42 - ああ 濃縮ゲルを染色・・・・・・・？？？？ 何の実験をしているんですか？？？

ゲルの脱色 削除/引用 No.2658-1 - 2013/12/13 (金) 16:00:57 - @mark １０％PAGEをCBB、アルコール、酢酸、蒸留水を使って染色し、 アルコール、酢酸、蒸留水の混ぜた溶液を用い脱色しています。 分離ゲルと比べ、濃縮ゲルの方が脱色しきれず色が残ります。 この原因として考えられることがあれば教えていただきたいです。

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