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(無題) 削除/引用 No.3671-3 - 2014/12/17 (水) 04:59:28 - おお ESなどからのhomologous recombinationによるKOでも同じような問題をはらんでいますね。なのでそう言った手引書なども目を通してみてもいいんじゃないでしょうか。あとは複数の開始コドンを持つ遺伝子もありますね。まあ慎重にデザインしてください。

(無題) 削除/引用 No.3671-2 - 2014/12/17 (水) 04:46:55 - yyy 「どの程度おこりうる」というよりも、"CRISPR frame shift"で簡単に検索して出てくるのを見る限り、むしろ目的タンパクの機能を潰すのにフレームシフトが起こることを前提としてるように思いますが。 たまたま、そのartificialに出来たタンパクが何らかの機能を持っていて特定のphenotypeが生じることは無いのか？という疑問はありますが、それは幾つか異なる細胞なりコンストラクトを比べて結論するしか無いのではないかと素人的には思いますが。 実際に自分ではやってるわけではないので受け売りですが、詳しい人がもっと実際に則したレスをしてくれると良いですね。

CRISPR処理時、下流のATGからの翻訳は？ 削除/引用 No.3671-1 - 2014/12/17 (水) 03:34:20 - 久利須 いつも勉強させていただいております。 最近CRISPR/Cas9によるノックアウト作成実験が盛んに行なわれておりますが、 ひとつ疑問に思っていることがあります。 ある遺伝子について、データベースに登録されている開始コドンの少し後ろを標的としてguide RNAを設計した場合、 そのあとに出現するATG（その後、フレームがとれる）からの翻訳はどの程度起こりうるのでしょうか、というものです。 CRISPRによる切断後のNHEJによるin-delがどうであれ、 その後ろにあるATGからはフレームがとれてしまいます。 Kozak配列のことも考えましたが、 kozak配列がないと必ず翻訳効率が下がるわけでもない、という話も聞いたことがあります。 既知ドメインが分かっている遺伝子の場合はそこを狙って壊せばいいと思うのですが、 全長に渡って機能未知な場合、5'側を切断してしまうのがよいかと思っていたら こういう疑問が生じました。 どなたかご存知の方がいらっしゃいましたら、アドバイスよろしくお願いいたします。

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