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(無題) 削除/引用 No.3695-2 - 2014/12/25 (木) 17:46:49 - seven ヒトサンプルの場合は倫理の問題があるので生データを公開していないのではないでしょうか。 なのでまずは著者に問い合わせたほうが良いです。 一般的なfastqリードファイルからのRNA-seq解析だとtophatおよびcufflinksが有名ですね。 リードデータの提供先で解析を行なっているなら、共同研究などの形で定量後のデータを提供してもらったほうが楽だと思いますが。

ASD等の精神疾患におけるRNA seq data 削除/引用 No.3695-1 - 2014/12/25 (木) 17:12:49 - ウエット いつも勉強させて頂いています。 現在扱っている遺伝子が、精神疾患に関わっているのではないかという仮説のもと、各種精神疾患における発現量を調べようと言う事になりました。 ASDやDepression等の精神疾患におけるRNA-seqのdataを発表論文やインターネット上のデータベースからダウンロードして、目的遺伝子の発現量を見ようとしています。 ただ、なにぶん生化学的な実験しかした事が無いため、どのようにしてよいのか途方に暮れております。 そこで以下の事に関して皆様のお力をお貸し頂けないかとご相談する次第です。 1. 精神疾患患者とコントロール患者のRNA seqのデータがあるところを教えて下さい。 ( PubMedは調べてみたのですが、生データは見つかりませんでした...) 2. このような解析の際に、どういったソフトを使われているのかを教えて下さい。 (RNA seqの生データから、標的遺伝子のリード数/発現量を調べたいと思っています。) よろしくお願いいたします。

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