Bio Technical フォーラム

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コスパの良いアガロースを教えてください トピック削除
No.3708-TOPIC - 2015/01/06 (火) 23:34:51 - eido
よろしくお願いします。

300bp程度の増幅産物をえる事が目的のPCR後に、産物がひとつか、
プライマーダイマーができていないか、をチェックする電気泳動
に用いるアガロースで、コストパフォーマンスの良いアガロース
のメーカーや品番を教えてください。

できればカラム精製やアガラーゼ処理に用いられるものが良いです。

それから、DNA用と明記していないけど、上記の目的に使える
他目的の安いアガロースなどがないかと思っています。もし
何か御存知でしたら、そのようなアガロースのメーカーや品番も
教えてください。

なお泳動はTAEバッファで、分子量マーカーは100bp〜2000bpのもの
を使っています。
　
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(無題) 削除/引用
No.3708-9 - 2015/01/08 (木) 02:14:43 - どぴゅ
DNAの回収率云々はたまに話しがでますが、一体どれだけ収量が欲しいのですか？
大体クローニング目的であればどちらでも目的は達成できます。
酢酸リチウムを使ったアガロースゲル電気泳動もありますね。

(無題) 削除/引用
No.3708-8 - 2015/01/08 (木) 01:50:50 - eido
皆さん、さっそくの御意見をありがとうございました。

泳動装置がミューピッドしか無いため、アガロースで考えたいのです。

実は、オクテルロニ用などの核酸用ではないアガロースが沢山あまっています。そのためこれを用いる、あるいはアガロースSを使ってみようと考えています。

なお次に書かれているような理由で、TAEバッファーを主体に考えて
きましたが

TAEバッファーとTBEバッファーの比較
http://biowiki.edu-wiki.org/tae%E3%83%90%E3%83%83%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%BC%E3%81%A8tbe%E3%83%90%E3%83%83%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%BC%E3%81%AE%E6%AF%94%E8%BC%83

今後は、アガロースでもTBEバッファーを使えるようなのでTBEバッファー
も検討したいと思います。

(無題) 削除/引用
No.3708-7 - 2015/01/08 (木) 01:30:09 - TBE
ご質問の件からずれてしまいますが、そのくらいの大きさのバンドを見る場合は、TAEじゃなくてTBEを使った方が格段に見やすい(解像度が高い)ですよ。

私は0.5kb以下ならTAEじゃなくてTBEを使います。100bp以下のものを見たい場合にはアクリルアミドゲルを使います。

(無題) 削除/引用
No.3708-6 - 2015/01/07 (水) 22:47:09 - 中年
コストが一番の問題なのでしたら、私もアクリルアミドに一票。慣れればそれほど面倒でもありませんよ。

(無題) 削除/引用
No.3708-5 - 2015/01/07 (水) 17:00:59 - ゲル
うちもそのくらいのサイズはAgarose S 2%〜2.5%で泳動しています。
キャンペーンの時に安く買ったりします。

(無題) 削除/引用
No.3708-4 - 2015/01/07 (水) 16:10:08 - ~
そのサイズであれば、Agarose S 2%で分離できるのではないでしょうか。

また、やったことはありませんが、アガロースゲルの再利用もコストダウンに有効でしょう。
http://www.rizo.co.jp/suisui06.html

寒天 削除/引用
No.3708-3 - 2015/01/07 (水) 15:29:13 - コスパ
むかしスーパーで売っている寒天（ゼリーをつくるパウダーのやつ）でPCRの泳動を行ったことがあります。
ゲル作製時に磯臭かったり、若干スメア気味だったりしましたが、PCR確認ぐらいだったらいいんじゃないでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.3708-2 - 2015/01/07 (水) 08:32:27 - どぴゅ
そのレベルの検出ならアクリルアミドゲルのほうがシャープでいい気がします。
アガロースは高濃度かつオートクレーブで溶かしてから使うとどれでも行ける気がします。
確認用なら別に品質いいの求めなくてもOKかなと。ペーパーにでも使うならアクリルアミド。

ちなみにうちは確認ならAgaroseSを使ってます。
日本ジェネティクスのものですがなかなかいいかんじです。

コスパの良いアガロースを教えてください 削除/引用
No.3708-1 - 2015/01/06 (火) 23:34:51 - eido
よろしくお願いします。

300bp程度の増幅産物をえる事が目的のPCR後に、産物がひとつか、
プライマーダイマーができていないか、をチェックする電気泳動
に用いるアガロースで、コストパフォーマンスの良いアガロース
のメーカーや品番を教えてください。

できればカラム精製やアガラーゼ処理に用いられるものが良いです。

それから、DNA用と明記していないけど、上記の目的に使える
他目的の安いアガロースなどがないかと思っています。もし
何か御存知でしたら、そのようなアガロースのメーカーや品番も
教えてください。

なお泳動はTAEバッファで、分子量マーカーは100bp〜2000bpのもの
を使っています。
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