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(無題) 削除/引用 No.5008-6 - 2016/04/25 (月) 07:37:54 - pp 状態が悪い検体を用いて1回だけ解析して得られた結果を信じられるか、という問題もありそうですが、大丈夫でしょうか

(無題) 削除/引用 No.5008-5 - 2016/04/23 (土) 15:52:09 - ひみこ サンプルに関しては、これ以外にはないです。 回収できる予定は今後はないです。

(無題) 削除/引用 No.5008-4 - 2016/04/23 (土) 15:48:38 - ひみこ exome capturingをしたうえで、NGSにかける予定です。 実はcaptureしたい領域が 50kb程度で非常に短いです。 custom arrayを作製する必要があるかも迷っています。 何か代替法はありますか？ PCRではせいぜい100bpほどしかかからないので、やり始めると途方もないのです。

(無題) 削除/引用 No.5008-3 - 2016/04/23 (土) 05:58:47 - おお アレイを用いて、エクソーム解析ができるのかどうかもわかってませんが、、、エクソン部位を増幅して配列を読む解析だと認識してますので、、、 パラフィン包埋からというのもやれなくもないようなので、配列jをよむエクソーム解析ならやれなくもないのかなぁと無責任ながらに思いました。要は読む部分がうまく増幅がかかってくれるかが重要なのかなぁとか思うのですが、それはある程度事前に検証できるような気もします。でも私が言っているのはアレーとはむかんけいだよなぁ。。。 ２０ベース強のプローブでミューテーションがわかるようなアレーで調べるんかな？

(無題) 削除/引用 No.5008-2 - 2016/04/23 (土) 04:51:26 - CD たぶん150bって、ゲルに流してみたんですか？ やったこと無いけど、カスタムアレイでプローブ長が50merとかだと150bのフラグメントとアニールさせるの厳しくないでしょうか？次世代シーケンサーで読ませたほうがまだ勝ち目がありそうな。 個人的にはお金が勿体無いのでサンプルのクオリティが悪いと分かったらアレイもExome-seqもやらないと思います。

エクソーム解析 削除/引用 No.5008-1 - 2016/04/22 (金) 23:53:42 - ひみこ カスタムアレイを用いて、エクソーム解析を行う予定ですが、dnaがかなり分解されています。 どの程度までの分解まで許容範囲かご存知の方はいらっしゃいますか？ どうしてもこのサンプルを使わざるを得ません。 恐らく150ベース位まで分解しています。

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