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(無題) 削除/引用 No.5659-5 - 2017/01/13 (金) 07:02:18 - IHC? やり方は別にいいと思うけど「数個に絞られました」って部分は単純にえ？って思うな

(無題) 削除/引用 No.5659-4 - 2017/01/08 (日) 18:38:07 - おお バイオインフォーマティクスではmiRNAの発現とmRNAの発現のコリレーションを示した文献は結構探せばあると思います。 私の言う制御していることを示せというのは、発現の上がり下がりよりももっと突っ込んだ話を考えています。そういうデーターがないと制御しているというのが難しくなってきますので（直接という意味で）。 その絞られた数個の遺伝子はお使いになっているmiRNAが結合すると予測できる配列を持っていますか？

(無題) 削除/引用 No.5659-3 - 2017/01/08 (日) 17:58:08 - マイクロRNA おおさん、早速ありがとうございます。 おっしゃることはごもっともで、その先の検証をすればどちらかわかるとおもうのですが、指導教員からこの方法をとることは妥当で一般的なのか？と言われたので、質問させていただいた次第です。 つまり、アレイデータでそれぞれ数百個ある遺伝子のうち、両者ともに動いた同じ遺伝子が、数個しかpick upできなかったので、少ないのではないのかということだと思います。 その次の実験に進むのにもprimerの購入費用がかかるので、明らかにおかしいという指摘があれば、候補遺伝子の抽出方法を再考しようかと考えていました。 そして、microRNAの下流にあるmRNAで、制御は受けているけど動かない遺伝子というのは探すのが難しいかなと思い、まずは動くものを探しているところです。（おそらく多くの遺伝子をコントロールしているので） また、overexpressionとはその通り、matureな合成RNAのことで、いわゆるmimicというものです。siRNAとは違います。すいません。

(無題) 削除/引用 No.5659-2 - 2017/01/08 (日) 17:43:53 - おお >同じ遺伝子が数個pick upされました。 論文を探すより、実際にそれらの遺伝子が制御されていること示したほうが科学的だと思いませんか？ 逆にそれで制御されていることが示せたなら、その進め方に文句は言えないはずです。 ２点ぐらい気になります。 miRNAで最初に示されたメカニズムはmRNAの翻訳阻害です。mRNAが下がらなくても制御がかかっていることになりますね。ただしBioinformaticsではmRNAが下がる遺伝子を見つける人もいます。彼らの主張はいくらかの遺伝子はおそらくmRNAレベルの制御を受けているだろうと言うことですが、証明しているケースがあるかはよくわかりません。 siRNAの過剰発現といってますがマチュアーなmiRNAを合成したRNAで用意して導入することで過剰発現しているのではないですか？

microRNAが調節する候補遺伝子の探索方法について 削除/引用 No.5659-1 - 2017/01/08 (日) 17:04:17 - マイクロRNA 大学院生です。 microRNAが調節する候補遺伝子の探索方法について質問します。 一般的かどうかわかりませんが、ひとつの方法として、細胞に見たいmicroRNAをSiRNAでtransientにoverexpressionもしくはknockdownして、microarrayで網羅的に候補遺伝子を抽出し、その中から、例えばtargetscanなどのin silico解析を用いて、数個の候補遺伝子に絞っていく方法がとられると思います。もちろんその後にvalidaitonを行います。 私が考えたのは、SiRNAでoverexressionしてdown-regulateされた遺伝子群とknockdownしてup-regulateされた遺伝子群とで相同する遺伝子群を抽出する方法はどうかと考えました。 実際にやってみると、overexpression、knockdownし得られたそれぞれ数百個の遺伝子群の中から、同じ遺伝子が数個pick upされました。 この方法が科学的に妥当かどうかということについて書いてある論文が見つからず、質問させていただきました。 細胞はprimaryのものを用いているので、in silico解析を用いるより、より生体に近い（実際に起きている）反応をみることができるのではないか、またこれまで報告されていない遺伝子を抽出できるのでは、と考えています。 わかりにくい文章ですみませんが、よろしくお願いいたします。

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