お世話になります。
これまでに1アミノ酸置換によるタンパク質の構造予測をSwiss-Modelを使って行ってきました。
αヘリックス構造が、変異により解けたり、などの予測をこれまでにしてきました。
その経験をもとに上司から、インテグリンの1アミノ酸置換が構造にどのように影響するか予測してくれないか？とお願いされました。これは私自身の実験ではなく、ボスの知人の方の実験です。
インテグリンは3つの構造をとります。
不活性化状態では折りたたまれた構造、さらに中間の構造、そして伸びきった活性化状態の構造です。
1アミノ酸変異を持つと異常が現れるようなのですが、臨床系の小さな雑誌のリバイス中らしく、構造情報を載せると見栄えが良くなるという意図があるのではと思います。ただ私自身、Swiss-ModelやPymolが使えるくらいで、一アミノ酸の違いで不活性化状態の構造から活性化状態の構造に構造変化されないという予測をSwiss-Modelでできるものなのか、疑問です。
そういうことを行える方法（基本的には予測ツール）をご存知の方いらっしゃいましたら、ご意見聞かせてくださると幸いです。”構造変化しにくい”ということをどう表現するかも難しいですよね、、。 |
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