おおさんの意見に賛成です。 
大腸菌で効率よくタンパクが翻訳されるにはATG(or GTG)開始コドンの上流6~12bpにSD配列が必要です。 
元の構成は、 
UASプロモーター+大腸菌用プロモーター+大腸菌用SD配列+mKO2(ATG-STOP) 
となっているとすると、 
STOPコドンがあるcDNAを挟んでも、大腸菌では「大腸菌用SD配列+mKO2(ATG-STOP)」部分での翻訳(=ピンク色コロニー)は生じるハズ(bicitronic translation)で、 
>ピンク色のコロニーもとれますがインサートが入っていませんでした。 
の理由は、単に効率が悪くオリジナルのplasmidばかり取れているのでしょう。 
Vector断片だけのLigationとコロニー数を比較しましたか? 
 
ただし、そうだとしても 
>Gal4を発現するプラスミドと一緒に細胞に入れても蛍光が見られません。 
の原因は不明です。 
挿入cDNAにSTOPコドンがあるから(=mKO2融合タンパクができない)なのかな。。。 | 
      
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