あなたの使ってらっしゃるスクレーパーが適当でないのだろうと思います。 
1.5-2mm厚のシリコンゴムを付けたラバーポリスマン(これがwebページでヒットしない)を使うとよいと言われている。先割れのステンレス棒にシリコンゴムを挟んだもので、オートクレーブ可能になっています。注文すれば作ってくれるかもしれません。 
それでも、シングルセルにバラバラにするのは難しいかもしれません。 
 
cellbankの説明文では以下のように書かれています。 
 
>◇硬質ゴム性のスクレーパー(市販ディスポーザブル製品の大部分)を用い 
>ると細胞生存率が低下します。シリコンゴム製の通称ラバーポリスマン 
>(池本理科扱い)が適しています。培養容器に合わせて柄の角度、シリコン 
>ゴムの大きさなどを調整して、オートクレーブ処理で滅菌しておきます。 | 
      
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