染色する抗体にもよりますが、トピ主さんがおっしゃるようなTGN46やGM130、もしくは有名なオルガネラマーカー(EEA1、LAMP1、Transferrin receptor、Tom20、LC3など)は、1-4どのステップでも問題ないと思います。 
また、用いる細胞株にもよると思います。HEKやHeLa、COS細胞などならいずれのステップで4度保存しても大丈夫かと思います。 
個人的にはいつもPFA固定し、Triton or Saponin処理したのち、ブロッキングバッファーで4度保存しています。上記の抗体で染色するなら、1週間くらいは保存可です。 
また私は、トピ主さんがおっしゃる3のBSA-PBSで1次抗体、2次抗体の染色を行なっていますので、染色する場合はブロッキングの工程をせず、抗体染色を行なっています。 
参考になれば幸いです。 | 
      
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