>[Re:1] 生物活性分子さんは書きました :
> タンパク質を採取した動物の違いによって、タンパク質の高次構造も違ってくるのでしょうか？また、由来動物以外の要因によってもタンパク質の高次構造は異なるのでしょうか。
ご自身で書かれているように、「同一タンパク質でも、高次構造が違うと、対応するリガンドの構造も違ってきます。(鍵穴の形が違えば、鍵の形は違う)」のですから、もちろん生物種によって異なります。
同じ生物種由来でもパラログ間で異なります。
1アミノ酸の違いでも基質特異性が変わることがあります。
他の要因として、翻訳後修飾の有無や複合体形成に伴って三次構造が変化したりもします。
> 具体的には、自分の実験において、
> Na+/K+ ATPaseとウアバイン、あるいはジゴキシンとの共結晶構造をPDB (Protein base)で検索すると6件ヒットしました。6件の中から1件選んで、自分がするドッキングシミュレーションに使用したいのですが、何を基準に選べばよいのでしょうか？
> ウアバインとNa+/K+ ATPaseの共結晶で、以下に検索で出てきたPDB番号と、由来と思われる動物を列挙します。
> 3N23 : 豚腎臓
> 4XES : 牛腎臓
> 4HYT : 豚腎臓
> 4RET : 豚腎臓
> 4RES : 豚腎臓
> 3A3Y : 豚腎臓
一般論ですが、分解能が高い方が良いでしょう。ただし、高ければ"絶対に"良いというものではないので、
論文を読んで、正しい位置に基質が結合しているのかなどを見ると良いと思います。
これだけでも結構絞りこめると思います。 |
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