研究分野によるでしょうけど、プラスミドを作ったり精製するぶんにはAmpでそんなに変なことが起こるでもなく、何ら問題がないと感じます。 
 
Ampのプラスミドがおおいのは多分pUCやpBluescriptなどにいろいろなものをクローニング(プロモーターとかそういうものを含めて)したりしてそれをベースに作っているものが多いからだと思います。 
 
まあ哺乳動物の細胞などを扱っている一人として感覚ですが、Microbiologyなど他の分野では違うかもしれません。またラボで作ったものがたまたま他の抗生物質耐性マーカーのプラスミドで、実験上の都合などでそれをベースに組み換えを行っていればampでないプラスミドがおおいラボもあるかもしれません。 | 
      
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