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ちき様 削除/引用 No.8519-10 - 2019/12/31 (火) 17:40:38 - akiboooo ちき様 修正いただきありがとうございました。 もしよければ連絡をいただけませんでしょうか？ 詳しい解析方法や詳しいお話が聞ければと思います。 まだ先になりますが、論文を書くときにも使わせていただきたいと考えています。よろしくお願いいたします。 takashiakihiro@gmail.com

(無題) 削除/引用 No.8519-9 - 2019/12/27 (金) 20:04:48 - ちき かなり大きな計算間違いを見つけてしまったので、訂正します。 100アミノ酸以上は19767 20: 17837 19: 1432 18: 342 17: 82 16: 27 15: 9 14: 14 13: 12 12: 9 11: 1 10: 2 9: 0 placenta-specific protein 4が12アミノ酸で構成されているというのも間違いでした。この10アミノ酸で構成されている2つはいずれも、unchracterized proteinとなっていました。 200アミノ酸以上は16795 20: 16051 19: 638 18: 75 17: 22 16: 4 15: 0 14: 5 13: 4 12: 2 11: 0 300アミノ酸以上は13959 20: 13612 19: 318 18: 20 17: 5 16: 2 15: 0 14: 2 13: 1 12: 0

お答えいただきありがとうございます。 削除/引用 No.8519-8 - 2019/12/27 (金) 11:57:53 - akiboooo 大変面白い結果を教えていただきありがとうございます。 レアだということがわかりがぜん研究する気持ちが高まりました。 これまでに寄せられていないコメントも継続してお待ちしております。 この度はありがとうございます。今後ともよろしくお願いいたします。

(無題) 削除/引用 No.8519-7 - 2019/12/23 (月) 22:05:45 - BBAJJI コラーゲンは大きなタンパク質ですがチロシンやトリプチファンがほとんどないです。どうしてこんな風になったのかわかりません。分子進化の面からも興味ある分子ですしその方面からどのような説明がされているのかには興味あります。 ヒストンやリボソームタンパク質はLys, Argのようなプラス荷電を持つ塩基性アミノ酸に著しく偏ってます。これはヌクレオチドと相互作用することを考えると理にかなっています。

(無題) 削除/引用 No.8519-6 - 2019/12/23 (月) 15:57:35 - WInter-8 分子進化の研究で調べてる人がいますよ。 例えば、分岐鎖アミノ酸は全てロイシンに変換したりして、 機能を保ちうる最小のアミノ酸構成に挑戦した研究があったはず... 見つけたら貼り付けます。

(無題) 削除/引用 No.8519-5 - 2019/12/23 (月) 14:51:23 - ちき 200アミノ酸以上だと、 20: 15054 19: 1490 18: 190 17: 48 16: 9 15: 9 14: 0 300アミノ酸以上だと、 20: 13072 19: 833 18: 45 17: 9 16: 1 15: 0 akibooooさんの、300aaで17種類のアミノ酸、というのは珍しいことは確かなようです。

(無題) 削除/引用 No.8519-4 - 2019/12/23 (月) 13:38:21 - ちき この辺(https://www.nntp.perl.org/group/perl.beginners/2010/12/msg114941.html)にperlスクリプトがころがってたので、ちょっと改変してuniprotのhuman proteome (https://www.uniprot.org/proteomes/UP000005640)について、カウントしてみた。(one protein sequence per gene) 20605タンパク質のうち100アミノ酸以上のものは、19764。その内訳は、 20アミノ酸全てで構成されるもの: 16143 19アミノ酸: 2478 18アミノ酸: 740 17アミノ酸: 247 16アミノ酸: 92 15アミノ酸: 51 14アミノ酸: 13 13アミノ酸: 2 12アミノ酸: 1 11アミノ酸: 0 ちなみに、この12アミノ酸で構成されているタンパク質はplacenta-specific protein 4というもので、長さは150アミノ酸。 同じく100アミノ酸以上のタンパク質について、1つ以上のアミノ酸を欠く場合、その頻度は多い順に W: 1035 C:439 H: 285 Y: 269 以下略。 多項分布と比べてずれているのか等、遊べそうなデータではあります。

(無題) 削除/引用 No.8519-3 - 2019/12/23 (月) 09:43:39 - qq Trpはコドンも１つだけで、実際、多くのタンパク質で含有量が少ないです。

(無題) 削除/引用 No.8519-2 - 2019/12/23 (月) 06:37:43 - おお アミノ酸に偏りがあるものはいくらか見かけます。アミノ酸配列の３分の１くらいがSRのリピートだったり、DNAやRNAに結合する蛋白はBasicに偏っていることが多いと思います。 20種類のたんぱく質から出来ていないタンパク質というのはあっても不思議じゃないなという程度ですが実例は存じ上げていません。 ちょっとさがしたら https://academic.oup.com/jb/article/94/4/1269/781992 Gluが５０％、Trp、Met、Cysが０％と言われる蛋白が見つかったという報告がありました。Glu50でデーターベースで私がやった限り探せなかったので、現在どんな名前になっているかわかりませんけど。 https://www.uniprot.org/uniprot/P39687 これはWがなく L、E、Dりっちですね。

20種類のアミノ酸を使わないタンパク質って珍しいですか？ 削除/引用 No.8519-1 - 2019/12/21 (土) 18:50:09 - akiboooo 今調べているタンパク質は約300aaですが、17種類のアミノ酸からできています。このように20種類のたんぱく質から出来ていないタンパク質って珍しいのでしょうか？あまり短すぎるタンパク質は除いてです。 ちなみに、His Trp Proが含まれていません。また、アミノ酸のバランスもすごく偏りがあります。Gluが19%くらいあったりします。 ご存じの方がおられましたら教えてくださいませんでしょうか。宜しくお願い致します。

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