お世話になっております．qPCR初心者です．周りに聞ける人もいないのでここで相談させてください．
現在，ある遺伝子A,Bの発現をqPCRにより解析する実験を行っています．
細胞からRNAを抽し，cDNAを合成したのち，qPCRに供しています．
用いているPCR酵素はKOD SYBR qPCR Mix (TOYOBO)になります．
問題ですが，水，プライマー，PCR酵素を入れたネガティブコントロールでcDNAを入れたサンプルと同程度の増幅曲線が得られてしまうことです．
以下に現状をまとめます．
・融解曲線分析でもcDNAの有無によらず1本のピークが得られる．
・PCR産物をアガロース電気泳動して産物の長さを確認するとcDNAを入れなくても目的の長さの産物ができている．
・融解曲線分析や電気泳動からプライマーダイマーはできていない．
（Tm値が高いのでプライマーダイマーではなさそうです）
単純にPCR酵素や水がコンタミしているのかと思ったのですが，同時にPCRをかけている遺伝子Aではネガティブコントロールで増幅しないので，水やPCR酵素に問題はないと思っています．
プライマーに問題があると考え，遺伝子Aのプライマーを新しく合成したり，遺伝子Aの別の領域を増幅するプライマーを設計して試してみましたが，やはり遺伝子Aでのみネガティブコントロールで増幅されてしまします．
指導教官もqPCRに明るくなくお手上げ状態です．
何か解決策や他の問題点が想定されるのあればご協力をお願いします．
また，不明な点があればお尋ねください．
よろしくお願い致します．
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