BioTechnicalフォーラム [ImageJのマクロで同一のfor文でroiと写真を開きたい]

ImageJのマクロで同一のfor文でroiと写真を開きたい

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No.8580-TOPIC - 2020/01/21 (火) 18:28:42 - Daniel

質問文が乗せられないので、追記で乗せます。
　

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wwnさんへ

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No.8580-7 - 2020/01/22 (水) 13:03:40 - Daniel

ImageJの画像のディレクトリとROIディレクトリの事に関しては初耳でした...

昨日の時点で過不足なく質問店を記述できていたらよかったのですが、思いの外手間取ってしまいました。

今回はありがとうございました。

ちきさんへ

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No.8580-6 - 2020/01/22 (水) 13:00:30 - Daniel

ご返信が遅くなってしまい申し訳ありません。
そのコードで無事動作しました。

for文を動かす際にsyntax errorが出なかったので特に問題ないと思っていたのですが、どうやらタプルがないと上手く動作しないようです。

今回はありがとうございます。

(無題)

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No.8580-5 - 2020/01/22 (水) 10:17:06 - wwn

昨日解決済みがついたので追加の情報は提示しなかったのですが、念の為。

どうも、先に画像データのディレクトリを読み込んだあとにROIデータを読み込むようにすると
最初の画像をオープンする際にエラーが出るようです。（多分ImageJおよびFijiのバグ）

ですのでROIデータのディレクトリを先に読み込む。
(逆に言うと画像データをオープンする際は直前に画像のディレクトリを読み込んでおく)
(おそらく、getDirectoryのデータの扱いがうまくいっていない)
これで同じfor文で開けられると思います。
で各画像ごとにROIマネージャーでからMeasureするわけですが、次のROIデータを読み込むと追加される形にになるので、MeasureごとにResetも記述するといいと思います。(次のROIデータを読み込む直前など)

(無題)

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No.8580-4 - 2020/01/21 (火) 19:00:11 - ちき

for文の中はindentすべきなのかも。私はちゃんとした教育を受けていないので。

(無題)

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No.8580-3 - 2020/01/21 (火) 18:58:12 - ちき

これで動くような気がするけど、違うのかな?

d = getDirectory("Choose a Directory");
r = getDirectory("Choose a Directory");
savefile1 = "tesu.csv"

files1 = getFileList(d);
files2 = getFileList(r);

for (i = 0; i < files2.length; i++){
open(d + files1[i]);
run("RGB to CIELAB");
run("Stack to Images");
open(r + files2[i]);
roiManager("Open", r + files2[i]);
selectWindow("L");
roiManager("Measure");
selectWindow("a");
roiManager("Measure");
selectWindow("b");
roiManager("Measure");
saveAs("Results", savefile1);
}

(無題)

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No.8580-2 - 2020/01/21 (火) 18:30:00 - Daniel

### 前提
ImageJのマクロ(.ijm)を使用して、ひとつのfor文で写真とROIマネージャーを同時に開きたいと思っています。

2つのfor文で写真とROIマネージャを別々に立ち上げる事はできるのですが、
単体(ひとつ)のfor文で写真本体と写真に対応するROIマネージャを起動する事ができません。

### 解決したい事
以下の様なコード(マクロ)を実装したいと考えています。

<解析対象の写真とROIマネのフォルダーを指定する> → <フォルダーから写真と対応するROIマネを開く> → <解析写真のLabチャネルをスプリットする> > → <各チャネルに対して、roiManager("Measure");を行う>　

現在、解析対象の写真とROIマネが入っているフォルダーは指定できているのですが、同じfor文内で写真とROIマネを開く事ができません。
### 該当のソースコード

```
d = getDirectory("Choose a Directory");
r = getDirectory("Choose a Directory");
savefile1 = "tesu.csv"

files1 = getFileList(d);
files2 = getFileList(r);

for (i = 0; i < files2.length; i++)
open(d + files1[i]);
run("RGB to CIELAB");
run("Stack to Images");
open(r + files2[i]);
roiManager("Open", files2[i]);

selectWindow("L");
roiManager("Measure");
selectWindow("a");
roiManager("Measure");
selectWindow("b");
roiManager("Measure");
saveAs("Results", savefile1);
```

### 試したこと
一通りの事は検索して調べてみたのですが、解決策にあたるものは見つかりませんでした。

### 補足情報（FW/ツールのバージョンなど）
Windows10
Fiji
直接的な解決案の回答でなくとも、参考になりそうなサイト、類似の事例を教えて頂けると幸いです。
お忙しいとは思いますが、よろしくお願いいたします。
情報に不足がありましたら、ご指摘お願いいたします。

###　追記
このトピックの続きの様な形になってしまいました...
http://www.kenkyuu2.net/cgi-biotech2012/biotechforum.cgi?mode=view;Code=8577

ImageJのマクロで同一のfor文でroiと写真を開きたい

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No.8580-1 - 2020/01/21 (火) 18:28:42 - Daniel

質問文が乗せられないので、追記で乗せます。

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