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Uーtest トピック削除
No.873-TOPIC - 2012/08/26 (日) 06:23:24 - おお
ちょっと統計で基本的なことが分かっていません。

ある標本サイズが2のものと7のものでの比較です。実験の性質上必要なnとか統計的な段階を追った組み立てができません。
T-testはn=2であると計算上できますが、可也乱暴な物になってしまうという印象です

Mann-Whitney test の場合両方のサンプル数合計で7いかであれば、5%以下のp値は得られないとあります。さて、一方のサンプルサイズが2である時起こることに関して勉強部足で想像ができてない状況です。

このことに関してどんなことでもよろしいですから(論文で一方がn=2の物をみたとかでもいいですし、詳しい理論的な話でもいいです)ご助言いただければと思います。

サンプルはunpairedですし、Mann-Whitney testの条件は数以外では整っているというつもりではいます。
http://helpdesk.graphpad.com/guides/prism/5/user-guide/prism5help.html?how_the_mann_whitney_test_works.htm
 
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(無題) 削除/引用
No.873-11 - 2012/09/05 (水) 00:52:25 - おお
>バックグラウンドのばらつきも含めて分散は大きくなりますが、正規分布になっている可能性は十分あります。

ああそういう考え方もありますね。でもやっぱり正規分布ときめてやるのはどうも気がひけるんです。
臨床サンプルでは診断の精度とか、、、同じカテゴリーであったものがあとで2つに分けられると言う事もあるわけですし。

いつもフレッシュで実験として最善の状況で得られるわけでもないので、単純に分解したりしていくとすると低い方にだけすそが広がりますし。

同じ病態でも違う遺伝子のミューテーションであれば、例えばA、とBの遺伝子のどちらかのミューテーションで病気になるとしてAの下流にBがあるならAとBの間のファクターの挙動はAに変異があるか、Bに変異があるかで違ってきますし2相性がでてきたり、いわいるnone-responderのようなものがサンプルに存在するような感じになったりするわけですし。A、Bの変異が病気にかかわっていることが分かっていれば対処できるはずですが、それが分からない状態では区別がつきませんから、、、

そんなで臨床のサンプルはとりあえずできるならノンパらにしたいと思うわけです。

(無題) 削除/引用
No.873-10 - 2012/09/04 (火) 13:01:47 - in situ
>一応臨床から回ってきたサンプルで、バックグランドがそろっていると思えないので正規分布には従わないだろう

これは、そうとも断言できないと思います。
バックグラウンドのばらつきも含めて分散は大きくなりますが、正規分布になっている可能性は十分あります。

正規分布に従わないというのは、対数正規分布(抗体価とかウイルスの力価とか)の場合、外れ値がある場合、分布が多峰性になっている場合、分布が裾広がりな場合、などが考えられますが、

対数正規分布⇒対数を取ることでt検定適用可能
外れ値⇒外れ値が実験的なミスでないならMann-Whitneyが効果的
多峰性⇒これはそもそも一つの群の中に異なった集団が入っているので分離した方が良い
分布が裾広がり⇒Mann-Whitneyが効果的

という感じです。

(無題) 削除/引用
No.873-9 - 2012/09/04 (火) 12:19:28 - おお
ありがとうございます。

一応臨床から回ってきたサンプルで、バックグランドがそろっていると思えないので正規分布には従わないだろうという憶測はあります。

(無題) 削除/引用
No.873-8 - 2012/09/04 (火) 11:31:01 - in+situ
あともう一点補足です。

>有意差が出ないからと言って違いがない、という結論は導けないです

この考え方は統計的には正しくなくて、どんなにnを多く取ったところで、違いがないという結論は導けません。

nを十分大きく取れば、どのような小さな違いも検出できます。

ですので、p値が有意水準より大きかった時に言えるのは

『今回の試験では統計学的に有意な差は検出されなかった』

ということであり、二つの群間に差がなかったということは主張できません。

(無題) 削除/引用
No.873-7 - 2012/09/04 (火) 11:26:41 - in situ
Studentのt-testとMann-WhitneyのU-testの使い分けですが、サンプル数によって分けるというよりは、データの性質(正規分布しているかどうか)によって使い分けるものだと思います。

ちょっと、ここからは個人的なとらえ方になるのですが(バイオサイエンスの統計学(南江堂)にも似たような記述はありますが)、生物の実験の場合、スコアリングなど人為的な数値付けをする場合を除いて、ほとんどのデータは正規分布および対数正規分布と見て問題ないと思います。

正規性の検定を行うべきだという立場もあることは承知していますが、n数が少ない状況で分布の推定をすること自体に無理がありますので、通常は『経験的にこのデータは正規分布に従うだろう』という前提でStudentのt-testを行っていると解釈しています。(等分散性が仮定できないとしてWelchのt-testを行うという立場もありますが、僕はStudentのt-test派です)

また、以前統計のスレで言及しましたが、Studentのt-testは結構頑健なので、相当極端な分布(極端な外れ値があるとか)でなければ適用できます(誤って有意とすることがあまりない)。

さて、今回の例ですが、片方がn=2でも検定することは可能です。
そして、p値も0.05を下回ることも十分あり得ます。
例えば
A群 10, 15
B群 40, 50, 30, 50, 60, 20, 40, 50
という場合、p=0.013となります。

Mann-Whitneyを使うとそもそもサンプル数が少ないときは有意差がでないので、検定を行いたいのであればStudentのt-testで良いと思います(極端な外れ値がなければ)。

ただ、やはりn=2だとその値の信頼性という意味では低くなりますし、生物の実験の場合、『再現性』という統計の埒外にあることも意識しないといけません。
そのことを十分分かった上で、『今回の試験で有意差は見られたが、実験の都合上サンプル数が十分に確保できなかったので、今後(もしくは他の試験で)検証する。』という立場はありだと思います。

(無題) 削除/引用
No.873-6 - 2012/09/04 (火) 05:28:01 - おお
>言って違いがない、という結論は導けないです。
おっしゃるとうりですね。まあデータープロットして二じゃダメだなぁと感覚的にもかんじました。ただしnの表示など総べてを示したうえで、この条件ではどの程度のクオリティーの検定が可能というのを前提条件で示したうえでp値がいくらだったという示し方は出来るかもとおもいます。p値もその検定のクオリティーで有意かどうかのいき値を決めることもできるわけですし。

探索的なデーターのとり方をしていますので、パワーアナリシスとか、nの設定とかはまずできませんので、そのうえでどういうやり方をしていけば良いかなぁという相談でもあります。

(無題) 削除/引用
No.873-5 - 2012/09/03 (月) 18:52:13 - ハルナ
かたほうのサンプルサイズが2しかない場合、常識的に考えてどのような検定もできないと思います。U-testだろうがt−testだろうが有意差はでないでしょうし、有意差が出ないからと言って違いがない、という結論は導けないです。

(無題) 削除/引用
No.873-4 - 2012/08/26 (日) 10:37:52 - おお
qqさんありがとうございました。記述に関して勉強させていただきたいと思います。

(無題) 削除/引用
No.873-3 - 2012/08/26 (日) 09:01:05 - qq
scipy.statsのmannwhitneyuのcommentをみると、
**************
notes
-----
Use only when the number of observation in each sample is > 20 and
you have 2 independent samples of ranks. Mann-Whitney U is
significant if the u-obtained is LESS THAN or equal to the critical
value of U.
***************
と、記述されています。
まあ、n>20ずつは良心的な考えかもねと思います。

Uーtest 削除/引用
No.873-1 - 2012/08/26 (日) 06:23:24 - おお
ちょっと統計で基本的なことが分かっていません。

ある標本サイズが2のものと7のものでの比較です。実験の性質上必要なnとか統計的な段階を追った組み立てができません。
T-testはn=2であると計算上できますが、可也乱暴な物になってしまうという印象です

Mann-Whitney test の場合両方のサンプル数合計で7いかであれば、5%以下のp値は得られないとあります。さて、一方のサンプルサイズが2である時起こることに関して勉強部足で想像ができてない状況です。

このことに関してどんなことでもよろしいですから(論文で一方がn=2の物をみたとかでもいいですし、詳しい理論的な話でもいいです)ご助言いただければと思います。

サンプルはunpairedですし、Mann-Whitney testの条件は数以外では整っているというつもりではいます。
http://helpdesk.graphpad.com/guides/prism/5/user-guide/prism5help.html?how_the_mann_whitney_test_works.htm

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