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オートファジーのLC3について。 トピック削除
No.8765-TOPIC - 2020/04/11 (土) 12:04:52 - 奈緒
いつも勉強させていただいております。

今、論文を読んでいますが、解釈に困っており、ここで相談させていただこうとトピックを立てました。
よろしくお願いします。

教授から手渡された査読論文を読んでいますが、オートファジーが亢進すると、LC3IIが増加することは知られていますが、その論文ではある細胞をある薬剤で刺激をするとLC3IやLC3IIそのものが時間とともにやや増加していて、統計解析ではLC3II/tubulinで補正して'オートファジーの活性化'を示していました。

ただ私がこれまで読んできた多くの論文では、LC3II/LC3Iの比率でオートファジーの亢進を示すのがほとんどでした。

みなさんはどうお考えになりますか？
初歩的な内容ですが、お願いします。
　
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No.8765-5 - 2020/04/12 (日) 14:40:53 - フラックス
脂質修飾を受ける前のLC3-I と　修飾を受けた後の　LC3-IIの比率

総蛋白当たりの　LC3-II　の　比率

どちらをとっても問題はないと思います。

しかしながら、LC3-IIは「リソソームでの分解が阻害された場合」でも増加してしまうので、Flux Assey　というものが必要です。

下記の論文などが参考になると思います。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27818143

(無題) 削除/引用
No.8765-4 - 2020/04/11 (土) 18:05:39 - 独り言
学生に査読論文を読ませるのはトレーニングの意味が大きいです。
仮に、あなたが将来ボスになって、経験が全くない査読依頼が来たら、的確な査読ができますか。こういうところでちゃんとしてコメントを返せる部下なら信用して、面倒めてくれるかもしれません。
例えば、研究者だと推薦書が必要な場面はよくありますが、頼んだ仕事もちゃんとできない学生には、褒めて書ける内容がなくて困りますよね。


それはさておき、LC3II/LC3Iの比率だけで判断はできません。
LC3-IIの増加は、オートファジーが促進した結果とて増加したのか、逆にオートファゴソームが抑制され結果として増加したのか判断できません。
そのためにautophagy flux assayというのをします。

autophagy flux assayがどのような実験なのかは自分で調べてみてください。

(無題) 削除/引用
No.8765-3 - 2020/04/11 (土) 13:11:47 - 奈緒
おおさん、コメント書き込みありがとうございます。
確かにLC3IIが多ければ多くのオートファジーが起きてると考えてもいいですね！
LC3Iはそのフィードバックで増えてる可能性もありますし！
すごくスッキリしました。

確かに査読・・・良く無かったですね。すみません。

私の所属する研究室ではやはりそういった原稿が院生に回ってきます。
これはお手伝いという要素が大きいのでしょうか？それとも院生によその論文を批評するトレーニングとしての要素が大きいのでしょうか？慣例的にどうでしょう？

私はサマリーと批評を書いて、ボスへと返してますが、それでもボスはその原稿を一通り読んではいるようですので、お手伝いの要素はあまりないのではないかなと思っています。

(無題) 削除/引用
No.8765-2 - 2020/04/11 (土) 12:37:24 - おお
細胞内にLC3IIがおおければオートファジーが細胞内でより多くのオートファジーが起こっているという味方はできませんか？
LC3IはべつにLC3IIを抑制するわけではないですよね。

査読論文はコンフィデンシャルなので、公で示す場合は注意してください。今回は査読と書かずある論文とかデーターでとぼかしたほうが良かったかもしれません。

ところで教授などが受けた査読用原稿を研究室の学生やポスドクにチェックさせるのはコンフィデンシャルという視点でどうなんだろう。私も手伝わされたことはありますが、少し厳しくなってきているような気もします（他の人の手伝いとかいう理由では最近は回ってこないし）。

オートファジーのLC3について。 削除/引用
No.8765-1 - 2020/04/11 (土) 12:04:52 - 奈緒
いつも勉強させていただいております。

今、論文を読んでいますが、解釈に困っており、ここで相談させていただこうとトピックを立てました。
よろしくお願いします。

教授から手渡された査読論文を読んでいますが、オートファジーが亢進すると、LC3IIが増加することは知られていますが、その論文ではある細胞をある薬剤で刺激をするとLC3IやLC3IIそのものが時間とともにやや増加していて、統計解析ではLC3II/tubulinで補正して'オートファジーの活性化'を示していました。

ただ私がこれまで読んできた多くの論文では、LC3II/LC3Iの比率でオートファジーの亢進を示すのがほとんどでした。

みなさんはどうお考えになりますか？
初歩的な内容ですが、お願いします。
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