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Jurkat細胞の非古典的HLA alleleをご存知のかた トピック削除
No.8790-TOPIC - 2020/04/24 (金) 10:19:19 - HLA
お世話になっております。
以前、Cell lineのHLA alleleを検索できないか尋ねた者です。
TCLPというサイトを教えて頂き有難うございました。

現在、Cell lineの非古典的HLA alleleも調べたいと考えております。
題名のようにJurkat細胞のAlleleをご存知の方はいらっしゃらないでしょうか。
TCLPは古典的HLAは掲載されているのですが、非古典的は載っていません。

例えばJurkat細胞のような有名な細胞ですと、全ゲノム配列がNCBIにアップロードされていると思います。ですが、次世代シークエンサーのデータを自分でアセンブリして、HLAのAlleleを決定するとなると、経験が無く、なかなか大変そうです。

Sanger-Seqで調べるのが手っ取り早いのですが、コロナの影響で研究がストップしております。

情報提供あるいは良い解析手法を教えて下さると大変有り難いです。
どうぞ宜しくお願い致します。
　
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Jurkat細胞の非古典的HLA alleleをご存知のかた 削除/引用
No.8790-1 - 2020/04/24 (金) 10:19:19 - HLA
お世話になっております。
以前、Cell lineのHLA alleleを検索できないか尋ねた者です。
TCLPというサイトを教えて頂き有難うございました。

現在、Cell lineの非古典的HLA alleleも調べたいと考えております。
題名のようにJurkat細胞のAlleleをご存知の方はいらっしゃらないでしょうか。
TCLPは古典的HLAは掲載されているのですが、非古典的は載っていません。

例えばJurkat細胞のような有名な細胞ですと、全ゲノム配列がNCBIにアップロードされていると思います。ですが、次世代シークエンサーのデータを自分でアセンブリして、HLAのAlleleを決定するとなると、経験が無く、なかなか大変そうです。

Sanger-Seqで調べるのが手っ取り早いのですが、コロナの影響で研究がストップしております。

情報提供あるいは良い解析手法を教えて下さると大変有り難いです。
どうぞ宜しくお願い致します。
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