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(無題) 削除/引用 No.8826-9 - 2020/05/09 (土) 08:52:42 - おお 私が疑っているのはBPBなどのローディング色素とRNAサンプル中に混入した色素。BPBは酸性で黄色、DMSO溶液では茶褐色（そのときのｐHは知りません）。また何等かの理由で析出した場合はゲルに引っかかって溶液とは別の色を呈しても不思議ではないような気がします。サンプル中の何かがそれを助長しているかもしれません。 細胞中には色々な色の色素が含まれています。サンプルによっては目立つほど混入している可能性があるのではと思います。

(無題) 削除/引用 No.8826-8 - 2020/05/09 (土) 05:11:00 - オレンジRNA APさん、追加情報ありがとうございます。 あ、アミドとアルデヒド勘違いしてました、これはどうもお恥ずかしい限りです、すみません。 なるほど、必ずしもRNAとは限らないかもしれませんね。…しかし、同量のTrizolを用いても、RNAが圧倒的に多いサンプルだけに見えるものなので、やはり高分子RNAの線の方が…と思いましたが、まぁglycogenがRNAの存在量に比例して最終標品により多く存在するという可能性もなきにしもあらずですかね。 それら残存物質の相乗作用でクリアに着色して見える、ってのが一番もっともらしい話かもしれませんね、何せウェルにスタックして入っていかないような高分子なので。 重ね重ねどうもありがとうございました！

(無題) 削除/引用 No.8826-7 - 2020/05/08 (金) 17:22:39 - AP HCHOは入っていないくて、フォルムアミドで水素結合を弱めて二次構造を解消するだけのようですね。 何れにせよ、やっぱり着色はEtBrでしょう。EtBr入れなくてもなったことがあるかも、、っていうのはやはり記憶違い。 EtBrが染めている相手は、TrizolなどAGPC法で共抽出されやすい多糖類があやしい。特に多いのはグリコゲンだが、それ自体は特別にEtBrに高いアフィニティはないはずだが、量が多ければ吸着抱合する分だけでかなり濃く見える可能性はある。また、酸性多糖はEtBrに染まりやすいらしく、これを利用した染色法もあるようだ。

(無題) 削除/引用 No.8826-6 - 2020/05/08 (金) 00:23:03 - オレンジRNA APさん、レスありがとうございます。 使っているのは、一般的なRNA loading dyeで、HCHOですね。 https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/manuals/MAN0013155_2X_RNA_Loading_Dye_UG.pdf （…と、一般的と勝手に思ってるだけで実は別に一般的でもなんでもないのかもしれませんが…） 確かに、RNAだとばかり思ってましたが、その他の物質の可能性も十分にありますね。 Trizolに関しては、操作が悪いと、たまに最終RNA沈殿に赤い色素が残ったままになることがあった気がするんですよね。 あ、でもこれは、酵母のAde不足で生じる赤いコロニーの赤が、あまりにきついと最終RNA沈殿にまで残ること（これは確実に今でもよく経験しています）とごっちゃになってたかもしれません。 結局、「それはおめぇ、○○だよ」と常識レベルで断定・即答できるものというわけではなさそうだということが分かったので、まぁさほど気にしないようにしようと思います。 どうもありがとうございました！

(無題) 削除/引用 No.8826-5 - 2020/05/07 (木) 15:47:35 - AP バッファー系などの説明がないけれど、 HCHO変性系、尿素変性系、非変性系？ 多分、大量に乗せるたときに不純物の残滓が見えてるのでしょうけれど、 タンパク質でも多糖でも、完全には除去できないものです。 変性系だとそう言うのが焼けて見える可能性もありそう。 Trizolはチオシアン酸グアニジンとフェノールとクロロフォルム、あと塩だけなので、ほとんどきれいに取り除けるし、多少残っていたところで問題にならない。

(無題) 削除/引用 No.8826-4 - 2020/05/07 (木) 15:00:52 - オレンジRNA ※ちょっと書きミスがあって、最初の投稿の最初の段落、最初に出てくる「ウェルに」は不要でした。 ちゅうちゅうさんとおおさん、返信ありがとうございます。 XCかBPBは、RNAにそんなに強く結合するものなんですかね…？？ウェルの上部にスタックする（＝ゲル内部に入り込まない）感じなので、色素とは別物なのではないかと勘繰っているのですが…。 おおさん、RNAなしの場合、何も見られません。むしろ、RNAを流す場合でも、少量であれば検出限界以下なのか、そのオレンジっぽい堆積物は見られないことの方が多いぐらいです。 Dyeなしはいい案ですね。密度を増すために、グリセロールと混ぜる感じでしょうかね？ その場合は多分何も見られないんじゃないかって気がしますが（RNAサンプル自体は無色透明なので）、これで見受けられたら面白いですね。 まぁ、正直そこまで気にならないし、あまりサンプルに余裕がある状況ではないので、優先度はかなり低くなりそうですが、いつか余裕がある場合にチャレンジしてみようと思います。

(無題) 削除/引用 No.8826-3 - 2020/05/07 (木) 11:26:02 - おお RNAなし、Dyeなしでながしてみたら？

(無題) 削除/引用 No.8826-2 - 2020/05/07 (木) 11:15:02 - ちゅうちゅう ずばり　XCかBPBでしょう。

RNAっぽい着色したバンド 削除/引用 No.8826-1 - 2020/05/07 (木) 10:24:32 - オレンジRNA ふと疑問に思ったことで大した話でもないんですが、酵母やヒト細胞由来のTotal RNAをポリアクリルアミドで流すことがよくあります。 この時、大量にRNAが含まれるサンプルの場合、ウェルにRNAと思しきオレンジ色のバンドがウェルの最上部でスタックしていることがままあるのですが、これは何由来の色なんでしょうか…？ 純品のRNAは、どんなに高濃度でも、オレンジに着色して見えるなんてことは、物性化学上ないですよね…？ Trizolの残存か、あるいはLoading dyeに含まれる何か…？ Loading dyeにはエチブロが微量含まれてるんでしたっけ…？でも、自家製の、エチブロなしのdyeでもオレンジになって見えることがあるような…？ （この辺うやむやなので、ひょっとしたらエチブロ由来の色であり、エチブロのないdyeでは絶対に見えないはず、という感じかもしれません） ズバリ○○でしょう、とご存知の方いらっしゃいましたら、ご教示いただけると幸いです。

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