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(無題) 削除/引用 No.8904-8 - 2020/06/11 (木) 00:15:24 - ちき HHVさん、明快な解説をありがとうございました。 質問のような状況で、サンプル調製については同じ回であってもそれぞれ独立に処理がされているので対応がないかもしれませんが、WBでは、na、1a、2aは同じメンブレンに載っていて同じ処理をされ、同時に定量が行われるので強い相関が存在すると考えるのが自然だと思います(ひとつのメンブレンだけ露光時間が長かったような状況を考えればほぼ自明)。したがって、naの値で1a、2aを標準化すること(あるいはおおさんの提案のように1aで2aを標準化すること)は正当化されると考えます(若しくは標準化せずに{1a, 1b,....}{2a, 2b,...}の間で対応のあるt検定をすべき)。

(無題) 削除/引用 No.8904-7 - 2020/06/10 (水) 11:07:17 - HHV ↓のご意見にあるように、細胞のみの値で割ることで対応ができるのではないかという話については、そうとも言える一方、対応をつくりだすトリックともとれます。 細胞のみの群をn[na, nb, nc, nd, ne]とおいた場合を考えます。 もし1a、2aのデータをnの平均値 mean[na〜ne] で割るなら、比較的合理的であり、1a と 2a の間には対応はありません。 しかしもし 1a、2aのデータを na で割るとすると、1a と 2a の間にはあたかも対応があるかのうようになります。しかし、事前にそのような処理の妥当性を検証しなければいけません。その妥当性とは、na と 1a・2aとの間に対応関係があるかどうかになります。 もし naと1a・2aとの対応関係があらかじめあるなら、それは適切な処理かもしれません。 もしnaと1a・2aとの関係がna と 1b・2b (or 1c・2c、1d・2d、1e・2e) と同等であるならば、上記作業は対応関係の創造(捏造)にあたる危険性があります。 あくまで場合分けして想像しただけで、本当の事情は分かりませんので、ご参考まで。理解ある先生で相談にのってくれるような環境であれば幸いです。

(無題) 削除/引用 No.8904-6 - 2020/06/10 (水) 10:47:25 - HHV すみません。自分の答えを書きわすれたので... 第1群 [1a, 1b, 1c, 1d, 1e] と第2群 [2a, 2b, 2c, 2d, 2e] を比較するとき、 例えば 「1a と 2a の関係」が、「1a と 2b (2c, 2d, 2e) の関係」と異なるでしょうか。 もし異なるなら、1a と 2a には対応があると考えられます。 もし「1a と 2a の関係」と「1a と 2b (2c, 2d, 2e) の関係」とが同等であれば、 「1aと2a に対応があり、2b–2eとは対応がない」といった扱いは誤りであり、 対応あるt検定では誤った解析結果が得られます。 なぜかというと、場合によっては、例えば 2a と 2b を入れ替えることにより有意差を捏造できてしまうからです。 トピ主さんの記述だけで完全には分かりませんが、単一の細胞株を用いているなど、印象としては後者のケースのような感じがします。 もし上司が人間的にちゃんとした人ならば、このことについて discussion をお願いしてみることをおすすめします。 もし難しい事情があれば、指示はそれとして、両方の t 検定を行っておき、プレゼンのときに話せそうならそれとなく両方の結果を示し、それについてどう考えるか自分なりの考えをそっと提示するのはいかがでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.8904-5 - 2020/06/10 (水) 10:00:56 - HHV 「薬剤添加前に細胞の一部を回収したもの」と、「その細胞に薬剤添加したもの」を回収して比較するのは、対応のある t 検定の一例であり、それ以外のサンプルを用いた検定が全て対応のないt検定の適応になるわけではありません。 2標本について、「対応がある」とは「独立でない」ということであり、「対応がない」とは「独立である」ということです。 独立の概念は重要なので、まず自学されることをおすすめします。

(無題) 削除/引用 No.8904-4 - 2020/06/10 (水) 09:14:04 - ちき 対応のあるt検定が適用できる例として同じ個体を二度計測した場合がよく挙げられますが、それに限る訳ではないと思います。処理群Bと処理群Cを何回か測定して、それぞれの値はばらつくけど測定ごとのBとCの差が安定している場合、Bの平均値とCの平均値の差を検定(対応のないt検定)するよりは、BとCの差の平均を検定(対応のあるt検定)するほうが適切なのでは。 但しご質問の場合、Aの値で割ることで測定回ごとのばらつきは補正されているという解釈なら、対応のないt検定を使っても構わないと思います。 細かいですが、比をとることで補正されるようなデータを仮定しているなら、厳密に言えば対数をとってからt検定するのが正しいような気もします。

(無題) 削除/引用 No.8904-3 - 2020/06/10 (水) 07:16:06 - おお それぞれの実験ごとに何らかの変動要因があり、直接数値が比べられないと判断するなら対応ありというのはありえる処理だと思います。 わたしなら各実験のBを１としてCを求めてOne sample T testに持ち込むという手を取ることもあると思います。One sample T testは対応ありとコンセプトは違うんでしょうが計算的には対応ありと同じと聞きます。

(無題) 削除/引用 No.8904-2 - 2020/06/09 (火) 23:17:38 - taka クローンなので同個体とみなす、ということだと思います。 薬剤添加前の一部を取っても「同一」の細胞ではないですしね。 同じ細胞から増えていれば良いなら、同じディッシュの2ヶ所から取っても、一つのディッシュをもとに2ディッシュに播種しても同じと。 細胞の「個体差」は無視できる程度に小さいという前提です。 遺伝的に単一でもそれなりにバラつくと経験的に考えられる場合、物理的に同個体でないと対応なしです。

t検定　対応あり？なし？ 削除/引用 No.8904-1 - 2020/06/09 (火) 19:18:04 - これでいいのか お世話になります。 2群の比較を行う時の検定について教えてください。 ある培養細胞を使ったウェスタンブロットで、 A.細胞のみ B.細胞＋vehicle C.細胞＋vehicleに溶かした薬剤 のサンプルを流して解析しています。 1回につきA〜Cを1レーンずつ流す実験を5回行って、5回分をまとめて解析しようとしています。 各回の実験で、バンドのdensityはばらつくので、毎回Aを1としてB、Cの比率を出し、 最終的に、BとCの2群でt検定をするつもりです。 先生との話し合いで、「対応のあるt検定でやるように」言われましたが、 私の理解だと、この場合は対応のあるt検定は使えないと思うのですが、合っていますか？ もし対応のあるt検定を使いたいならば、 「薬剤添加前に細胞の一部を回収したもの」と、「その細胞に薬剤添加したもの」を回収して比較するのではないでしょうか？ とはいえ私も統計学には明るくないので、正確な情報を教えていただけたら助かります。 宜しくお願いします。

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