Primestar MAXでと書いてるということはおそらくタカラの資料を読んで始めているのだと思います。 
基本的には資料にあるとおりに実施すれば間違いはないですが、私の場合、PCR後のパターンがどうしてもきれいではないときはPCR産物を直接ではなく、一度ゲルから切り出しを行いメンブレンカラムで精製してから形質転換しています。 
制限酵素処理については、PCRがうまく行っていれば鋳型のプラスミドとPCR産物の量比は圧倒的なので、PCR時点で鋳型量さえ多すぎなければあまり改善に寄与しないのではないかと思います。 
 
PCRは高正確性酵素といえどもエラーは入りうるので、最終的に完成後はご自身の実験に関わる範囲についてはシークエンスしたほうが良いです。 
どこまで必要かについてはご自身で判断してください。 | 
      
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