連投からFACS verseをご利用と思います。 
教室の先輩に聞くのが先です。 
経験者が全くいない状況になってしまっているのでしょうか。 
FACS verse はレーザー本数、フィルターなどが色々違う機種が販売されていますが、どれをご利用でしょうか。 
 
推測でお話します。 
488レーザーで利用し、FITCチャンネルを多用しその光が強い実験系を組んでいる教室なのではないかと思います。他のメーカーも含めて色素の波長表をみてください。「コンペ」が必要と理解されているように近い波長での検出は漏れ込みが強くなります。PI自体は非常に強い光です。 
PerCPのフィルターでも少し弱くても十分検出できるのでわざと行っているのだと思います。 
多色染めで目的分子の蛍光抗体を使わざる得ない時には教室でも例えば4色ではFITC/PI/PerCP/PECy7  で検出していると思います。 
 
 
機器によってはBDではないですが561nmレーザー励起でECDフィルターでPIを検出するセッティングになっているものもあります。 | 
      
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