全6件 ( 1 〜 6 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.9970-6 - 2021/10/13 (水) 17:43:47 - WInter-8 >α−ヘリックスとβ−シートの領域を可視化したいのですが。 >アミノ酸配列を投げるだけで解析ができるのでしょうか？ 解析というよりも予測になるということは理解しておいてください。 方法としては、すでに出ているようにサーバーに投げて計算するのが簡単です。 思いつくのは以下の３つです。 ・これまでの経験則や物理化学的特性からの二次構造予測 >>> JPREDやPSIPRED ・ホモログの構造を探索して立体構造を予測 >>> PHYRE2 　(いずれもgoogle検索すれば見つかります。配列投げるだけでOKです。すでに同じファミリーのタンパク質の構造が決定されているのであれば、JPREDに流すだけでも十分なクオリティです) ・PDBデータから学習したAIによる立体構造予測 >>> AlphaFold2 google collabのAlphaFold2について。 すでに試されているようですが、▲を順番に押す必要はなくて、上のタブにある　ランタイム>すべてのセルを実行　だけでOKです。800アミノ酸ぐらいまでは問題ないのですが、より長いペプチド鎖だとエラーを吐いて止まることが多いです(GPUの使用量制限だと思う)。 これまでの二次構造予測や立体構造予測と比べると圧倒的に優れているとの評判です。私もいろいろと試してみましたが、新規構造について結構確からしい結果を出してきます。ただ、すでにホモログや似た構造が報告されているのであれば、既存のプログラムによる予測でも十分ではないかと思います。

(無題) 削除/引用 No.9970-5 - 2021/10/13 (水) 12:39:11 - toto AlphaFold2_mmseqs2　の場合、Instructionに書いてあるように最初の△だけ押しても、run allにならないようです。下に出ている全部で8個の△を押すと（各ステップを終了を待つ必要はないです）、すべてのPipelineを順番に実行してくれるので、待つだけです。時間節約のために、modelを１つにしてとりあえずやってみてください。終わればzipがダウンロードされて、中に、unrelaxed modelのpdbが入ってます。

ありがとうございます。 削除/引用 No.9970-4 - 2021/10/13 (水) 10:41:59 - akiboo 貴重なアドバイスありがとうございます。 いろいろとやってみましたが、やり方がわかりません。 https://github.com/sokrypton/ColabFold に行き、 AlphaFold2_mmseqs2 を選びました。 query_sequenceのところに配列が入っていたので、 左端の再生ボタンをクリックしました。 警告: このノートブックは Google が作成したものではありません。 が表示されて このまま実行をクリック すぐ再生ボタンの左側にチェックが入りました。0秒とでます。 少し下の方に行って Package and download results の横の再生ボタンを押しました。 PCのダウンロードのところに フォルダーができていて、 中に2つのファイルができています。 test_a5e17 test_a5e17.bibtex です。 上を開くと num_models=5 use_amber=False use_msa=True msa_mode=MMseqs2 (UniRef+Environmental) use_templates=False homooligomer=1 と書かれていました。 下のファイルは開けませんでした。 この手順は間違っていませんか？ 教えて下さいませ。

(無題) 削除/引用 No.9970-3 - 2021/10/12 (火) 22:59:46 - toto qqさんのいわれるように、alphafold2のほうが圧倒的です。linuxがなくても、google colabで簡単にできます。https://github.com/sokrypton/ColabFold の下の方にある表のなからで、Alphafold2の相応しいのを選んで、そのgoogle colabの"note"に行って配列入れれば計算してくれます。無料のでも、すいてる時間帯ならだいたいできます。

(無題) 削除/引用 No.9970-2 - 2021/10/12 (火) 21:39:35 - qq ＞α−ヘリックスとβ−シートの領域を可視化したいのです。 アミノ酸配列を投げるだけで解析したいのであれば、二次構造予測か、立体構造モデリング。swiss-modelなどかなぁ？ 強力モデラーのalpha-fold（使ったことはない）後の流行は分からない。 ＞Ramachandran plot という解析をしたら良いのではと言われましたが、やり方がわかりません。 Φ/Ψ角をプロットするのだから、3Dデータが必要ですか。アミノ酸配列を投げるだけでは無理だと思います。3D-モデリングの後は、ラマチャンドランプロットで二次構造の整合性を表示していると思います。 Winter8さんがもっと良い話をくれるんじゃないかな？

Ramachandran plot 削除/引用 No.9970-1 - 2021/10/12 (火) 18:16:53 - akiboo α−ヘリックスとβ−シートの領域を可視化したいのですが。 Ramachandran plot という解析をしたら良いのではと言われましたが、やり方がわかりません。アミノ酸配列を投げるだけで解析ができるのでしょうか？PDBファオ−マットしか受け付けないというサイトがありました。 やったことのある方が居られましたら教えてくださいませんか？

全6件 ( 1 〜 6 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する 名前  メール  　アドレス非公開    タイトル  本文       設定  クッキーを保存（次回の入力の手間を省けます） 上に上げない（トピックの一覧で一番上に移動させません） 解決（問題が解決した際にチェックしてください） 暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。 送信

---

〔使い方〕 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。

---