エクセルで書いてからどう処理をするのかわからないですけど、エクセル上でグラフ自体をちっちゃくしておけば、エラーバーの横線の長さはそのままになりそうなので、相対的には横線が長くなったように見えると思う。相当小さくても、イラストレーターにコピペするとちょうどいいくらいの大きさになっているので、あなたのやっている画像処理でどうなるか試してみてもいいのではないでしょうか。 
 
記憶が曖昧だけど、RとかEZRのようなフリー統計ソフトはエラーバーの横線は長かったようなきがする。でもコマンド入力していくタイプのソフトなのでそういうのめんどくさくなければ試してみてもいいかもしれない。 
 
個人的にはエラーバーの横線がどうなっていようとどうでもいいと思っているけど(データーの本質ではないし)。もちろんフォーマットの統一性は必要だけど。 | 
      
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