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AlphaFold2 N末C末 トピック削除
No.10324-TOPIC - 2022/03/09 (水) 09:52:05 - 幸三
変異の有無での立体構造の変化を見たいと思い、google collabのAlphaFold2に配列を入れてみました。しかし構造は出てきましたが変異箇所やN末C末がわかりませんでした。N末C末、できれば目的のアミノ酸はどこかを表示させる方法はございますでしょうか?宜しくお願いいたします。
 
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No.10324-7 - 2022/03/09 (水) 15:30:20 - 幸三
色付けで区別できました。
返信ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.10324-6 - 2022/03/09 (水) 15:16:05 - noname
配列が立体構造の上部分に出ていると思いますが、任意のアミノ酸を選択すると、右側に(sele)|A|S|H|L|C|と出るので、Cをクリックし、色を変えることができます。

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No.10324-5 - 2022/03/09 (水) 14:50:11 - 幸三
返信ありがとうございます。PyMOLを先生/生徒版で開いてactivationできました。

ついでにアミノ酸を複数選択いたときどのアミノ酸がどの選択部位かわかったらいいなとおもいました。できれば宜しくお願いいたします。

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No.10324-4 - 2022/03/09 (水) 12:55:18 - toto
alphafold2でpdbファイルが得られるので、それをPymolのfree版で開いて(skip activation)、Display > sequence にして配列を表示させて、末端を洗濯すると、画像の中にその場所が示されます。

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No.10324-3 - 2022/03/09 (水) 11:35:25 - 幸三
返信ありがとうございます。PyMOLというものとセットなんですね。
入れてみます。

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No.10324-2 - 2022/03/09 (水) 10:30:14 - noname
PyMOLで読み込んでやれば色を付けたりいろいろできますよ。
詳しい操作は調べてみてください。

AlphaFold2 N末C末 削除/引用
No.10324-1 - 2022/03/09 (水) 09:52:05 - 幸三
変異の有無での立体構造の変化を見たいと思い、google collabのAlphaFold2に配列を入れてみました。しかし構造は出てきましたが変異箇所やN末C末がわかりませんでした。N末C末、できれば目的のアミノ酸はどこかを表示させる方法はございますでしょうか?宜しくお願いいたします。

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