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コスパの良いジェノタイピング試薬 トピック削除
No.10349-TOPIC - 2022/03/18 (金) 10:51:50 - うっちー
CreloxPシステムを用いたマウスの繁殖をしており、大量のマウスのジェノタイピングを毎週行っています。
マウステールからのgenomicDNAの抽出に、安価で時間のかからない試薬を探しています。おすすめがあれば教えて頂けないでしょうか。
宜しくお願い申し上げます。
 
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No.10349-6 - 2022/03/21 (月) 11:06:54 - プラスミド
DNAの抽出はアルカリ熱抽出法で行なっています。具体的には下記。
しっぽを1.5mLチューブに採取する。4oCで保存可能。
50mM NaOH 180uLを加え、vortexし、95oC 10min incubate。
1M Tris-HCl pH=8.0を20uL加え、vortex。
4oCで保存(尻尾がはいったままでOK)

PCRは下記の試薬を使用していました。
KAPA2G RobustHotStart ReadyMix with dye (x2) (KAPA Biosystems, KK5706)

最も簡便で、それなりに安く抑えられている方法だと思います。PCRの試薬をより安いものにしても(KK3606)うまく検出はできましたが、テンプレートが汚いので、カタログのふれ込みに従い、少し高い方にしていました。キャンペーンもよくやっている試薬ではないかと思います。

(無題) 削除/引用
No.10349-5 - 2022/03/19 (土) 20:27:14 - asan

市販のものを買うと結局これぐらいの値段はすると思いますね。
https://www.nacalai.co.jp/products/entry/d009002.html

自作ベースでやるならここに書いてあるような組成のものを使ってました。
https://lifescience.toyobo.co.jp/embodiment/detail.php?embodiment_id=63

ProKを入れ忘れたり、サンプルを長期間保存(4度)するとかからなくなるので保存には向きませんが、すぐにやる分には問題なくかかってました(ただし酵素によってはかからない可能性がある)。

リンク先ではO/Nでと記載されてますが数時間で自分はやってて特に問題はなかったです。ProKの持ち越しを気にして、水で薄めてから1ulぐらいをテンプレートで使ってる人もいましたね。

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No.10349-4 - 2022/03/18 (金) 16:04:41 - AA
NaOHを使った抽出がかんたんで安価で便利です。
私はイヤーパンチで個体識別しているので、そのパンチ片を回収してそこからとってます。

ただ、PCRによってはそれではどうしてもかからない場合もあります。(クルード用酵素などをつかってもかからないときはかかりません)
また長期に保管をしたい場合も不適ですので、ProK/フェノールを使った抽出とケースバイケースで使い分けています。

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No.10349-3 - 2022/03/18 (金) 11:46:40 - ぽー
ルーチンワークとしてgenotypingをしていたころは、
NaOHで抽出を行い、trisでpH調整しPromegaのGo taq green mastermixを使っていました。
Go taq green mastermixはPromega Clubに入っておくと半額になります

(無題) 削除/引用
No.10349-2 - 2022/03/18 (金) 11:03:30 - mont
安くて早いなら、NaOH extractionでしょうか。試してみる価値はあるでしょう。

https://www.jax.org/jax-mice-and-services/customer-support/technical-support/genotyping-resources/dna-isolation-protocols

コスパの良いジェノタイピング試薬 削除/引用
No.10349-1 - 2022/03/18 (金) 10:51:50 - うっちー
CreloxPシステムを用いたマウスの繁殖をしており、大量のマウスのジェノタイピングを毎週行っています。
マウステールからのgenomicDNAの抽出に、安価で時間のかからない試薬を探しています。おすすめがあれば教えて頂けないでしょうか。
宜しくお願い申し上げます。

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