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(無題) 削除/引用 No.10373-10 - 2022/04/05 (火) 09:47:32 - おお >トーンカーブ調整 ガンマ補正とかのことですよね。これはやったらだめでしょう。直線性が前提だから。もしやる場合は補正値を書くべきです。コントラスト、明るさ調整はWBのCCDカメラではたいてい自動補正されて見やすいように表示されています。これについては書かなくてもいいでしょうけど、それは直線性が担保されているということが基本的にあるからです。私はなるべく０の方は固定しています。ここをいじるとバックグランドのシグナルが強制的に排除されるからです。 >ここだけレジェンドに書かないといけない合理的説明のつく理由は何？ 銀染色ではすべて同じ色で染まるとは限らないので、データーを見たときにリアルのカラーとおもって色の具合を見ながら考察する人もいるだろうからです。少なくともそういう情報が反映されていないことは読む側にわかるようにするべきと思うからです。でも普通は銀染色で疑似を使う人はいないとおもう。よほど２つのゲルで重ね合わせたりすることで違いを観察するとか言うことでない限りは。

(無題) 削除/引用 No.10373-9 - 2022/04/04 (月) 09:42:28 - s 個人的には、ブロットのコントラスト調整は定量的な意味での誤解を生み易いので抵抗があり、明るさ調整(オリナルデータのスカラー倍)のみに留めています。 あくまでも個人的なregulationです。ただ、コントラスト調整してしまったらcut-off値を明示しない限り逆演算は不可能なので、オリジナルの情報をとどめているとはいいにくいような気がします。

(無題) 削除/引用 No.10373-8 - 2022/04/03 (日) 14:51:11 - G25 >[Re:7] 通りすがりさんは書きました : > 論文に載せるデータにコントラスト、明るさ調整ってやっていいんですか？ > 私はやったことないので（やったデータを論文に載せたことないの そりゃまた極端な考え方で、どこで刷り込まれたんでしょうね(そんなこと強いるガイドラインはないと思いますが)。 コントラスト、明るさの調整はリニアに行なわれていてオリジナルの持つ情報を損なわない限り許されている、というかして当然の処理です。 参考までにNatureのガイドライン https://www.nature.com/nature-portfolio/editorial-policies/image-integrity 例えばブロットの検出を化学発光をCCD撮影するとき、カメラとらえた画像情報を、無処理で出力しても人の目には濃淡がわかりません。シグナルが分布する強度範囲外をカットして残った領域に階調を付け直して、人の目で見やすい明るさの範囲に配置する、って既に画像調整したものを見てるんですね。最近の機械は自動的に画像調整してすぐに人の目でわかる絵にしてくれますが、以前はそこからマニュアルで調整しないと何も見えないって言うのも多かった。 もちろん撮像装置の自動調整がベストというわけでないし、出力装置(ディスプレイ、プリンタ、出版印刷)によってもちょうどいい調整は違い、その都度、brightness/contrastは操作されて然るべきものです。 デジタル化以前だってそうだし。写真だって、焼き付け、現像条件、印画紙の種類で明るさコントラストは変わり得るもので、つまりこれが唯一の真実の姿というものがないんです。その中でもっとも情報量が多く「見やすい」像を目指して調整をするんです。

(無題) 削除/引用 No.10373-7 - 2022/04/03 (日) 09:06:47 - 通りすがり 論文に載せるデータにコントラスト、明るさ調整ってやっていいんですか？ 私はやったことないので（やったデータを論文に載せたことないので） 当然そんなことは記載したことがありません。

(無題) 削除/引用 No.10373-6 - 2022/04/03 (日) 01:48:45 - EEE コントラストや明るさ調整、はたまたトーンカーブ調整は書かないのに、ここだけレジェンドに書かないといけない合理的説明のつく理由は何？ 感情論？

(無題) 削除/引用 No.10373-5 - 2022/04/02 (土) 06:48:22 - おお >一応擬似カラーつけたことはレジェンドに書いたほうがいいと思う。 １０人に一人になってしまうのかもしれませんが、これは最低限やらないといけないことだと思います。

(無題) 削除/引用 No.10373-4 - 2022/04/01 (金) 23:01:32 - gif vibe どうでもいいこととは思うけど、どうでもいいことをどうでも良くないという人も10人に１人くらいいるので、一応擬似カラーつけたことはレジェンドに書いたほうがいいと思う。 銀染色の歴史は古く、これまでにいろんな処方が報告されていて、それぞれしばしば色調が少しずつ異なる。さらに処方によってはタンパク質によっては糖鎖とかの影響で色調が少しずつ異なって染まることもあるらしい。銀染色後にCBB染色するとかでもタンパク質により色調が違うように見えることもあるらしい。そういう性質を積極的に利用する試みも一時期行われていた。

(無題) 削除/引用 No.10373-3 - 2022/03/31 (木) 11:34:21 - おお 黒でいいでしょう。CBBですら白黒イメージは受け入れられています。擬似的に茶色にかえる理由がよくわかりませんし、、、 https://www.nature.com/articles/nprot.2006.288.pdf 余談ですが銀染色の色調は糖蛋白などでは若干変わることが多いらしく色をつけたいならカラーで取るほうが無難だと思います。白黒ではそういうインフォメーションがないわけですが、それをわざわざ擬似的に色を変えると見ている人に誤解が生じるかもしれません（もちろん明記すれば形式的にはそれで通るのかもしれませんが）

(無題) 削除/引用 No.10373-2 - 2022/03/31 (木) 11:29:34 - s 問題はないと思いますが、そもそもスキャナーで取り込む必然性もないのでは? カラーにしたければ普通にデジカメで撮ればいいでしょう。

銀染色の色の設定 削除/引用 No.10373-1 - 2022/03/31 (木) 11:09:03 - しんや 銀染色をしたのですが、スキャナーが白黒しかありませんでした。そもそも黒である必然性はないのですが、擬似的に茶色に色を変えても問題ないですか?

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