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タンパク定量 トピック削除
No.10381-TOPIC - 2022/04/06 (水) 14:06:48 - 素人質問
タカラバイオのキットで、BCA法でタンパク定量を行っています。
まだ2回しかやっていませんが、BSA標準液を用いた検量線の決定係数R^2が0.99に達しません。


当然手技が未熟であるのは自覚していますが、何か検量線作成のコツなどがございましたら、ご教授願います。
 
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No.10381-6 - 2022/04/11 (月) 09:33:22 - てて
どんな範囲でどんな検量線を引いてどうフィッティングしてるかをいただけたらもっと的確なアドバイスができると思いますよ

ぶら下げ質問で申し訳ないですがついでに皆さんに聞きたいのですが、BCAのフィッティングって直線で引いてますか?4パラシグモイドで引いてますか?
どちらもほとんど大差ないからどうでも良いとはわかってはいるものの、教科書的には直線で十分と思いつつ、kitのプロトコルには4パラで引く方が良いと書かれてあったりするのでどちらが主流なのかなと思いまして。

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No.10381-5 - 2022/04/08 (金) 17:32:14 - asan
0.99にすることにこだわる必然性があるのか正直疑問ですが、ぶっちゃけあくまでできるだけ正確な定量がしたいというのが趣旨ならばより多くの点をとって検量線をひけばいいんじゃない?って気がしますけどね。同じ点のtechnical レプリカをとるのも誤差を減らすという意味では効果的です。

ウエスタンの定量なんていくらきちんとやったところで結局は抗体のバンド画像の目視の濃さに引きずられますからこだわりすぎても意味がありません。検量線がガタガタなら問題ですが、検量線の信頼性の高い範囲の濃度で定量して、その後に正確に希釈する行為の方がはるかに重要です。

科学的に発表するなら議論があるともいますが、スタンダードの検量線をできるだけ多点、できれば複数点をとって、明らかにおかしい(調整誤差)と思われる点は省いて検量線を引けばいいだけじゃないのかな?あくまで検量線であるなら検出感度が際どいところやサンプルの濃度が濃すぎるところで微妙な差を取るより、信頼性の高い範囲を使用することの方がはるかに濃度の正確性は高いです。当然薄くしすぎればバックの反雑物の影響も受けるし、濃すぎるとチップの先についた少しの濃度の誤差も影響します。

たまに、吸光度系の検出がおかしくなってるとか、96 wellとかでやってるなら特定の位置だけ値がぶれやすいとか機械的なトラブルが原因になることもあるのでその場合はメンテに出すとかで改善するかもしれません。

人によっては検量線を3点とか4点ぐらいで定量してて問題ない人もいますけど、自分の感覚的にはできるだけ多くの点を取って、場合によっては外れ値をのぞいた方が再現性は高い検量線は出せると思います。

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No.10381-4 - 2022/04/07 (木) 13:06:39 - qwerty
常に高い正確さを重視することは悪いことではないと思いますが、western blttingなど一般的なタンパク質実験でしたら、現実的にはそこまで厳密さを追求することもないと思います。求められる厳密さの程度は実験により異なるし、実験によっては手際良さや迅速さの方が重視されるケースもあると思うので。検量線引いて一応直線かそれに近いものが引ければ良いのではないでしょうか。ご存知のようにタンパク質濃度が高くなるにつれて吸光度は頭打ちになり吸光度とタンパク質量の比例関係がなくなってきますから、直線性のある範囲を見定めてその範囲で定量する(もし外れるようならばサンプルを適宜希釈して測定)のは重要ですが。この辺は大丈夫ですか。

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No.10381-3 - 2022/04/07 (木) 05:37:09 - おお
どんな感じでうまく行ってないのかよくわからんですけど、、、飛び抜けた高いODがたまに見られるならWellとかにホコリとか入ったりしたのが反応しているかもしれません。結構高感度なので環境によるけど稀に起こる。

ピペッティングに問題があるのなら、そういう手技的な改善が必要かもしれない。Micro pipetter のInstructionなど確認してみるといいかもしれません。

R^2が0.99は目安で絶対的なものではないので(どれくらい正確な測定を求めているのかにもよりますが)、ほぼ直線と感覚で思えるくらいならいいと思います。わたしはスタンダードは細かく取って多少の凸凹があっても全体として平均化できる状態にしてます。また高濃度では直線にならず寝てくる傾向にあります。目的のタンパク濃度が1mg ml以下だったらスタンダードも高い領域を除いてもいいかもしれません。あるいはFitting Curveを直線以外に設定するか。

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No.10381-2 - 2022/04/06 (水) 15:16:36 - noname
BSA溶液って粘性があるので、基本的なことですがゆっくりピペッティングする、
よく混ぜる等のポイントを気にすると多少は良くなると思います。

結構ピュッと吸ったり出したりする人が多いので...

タンパク定量 削除/引用
No.10381-1 - 2022/04/06 (水) 14:06:48 - 素人質問
タカラバイオのキットで、BCA法でタンパク定量を行っています。
まだ2回しかやっていませんが、BSA標準液を用いた検量線の決定係数R^2が0.99に達しません。


当然手技が未熟であるのは自覚していますが、何か検量線作成のコツなどがございましたら、ご教授願います。

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