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(無題) 削除/引用 No.10443-6 - 2022/05/06 (金) 11:38:24 - seventh RNAseqではTPMのようなread量での補正の他にサンプル間に差がない遺伝子を探してその分布から補正する方法があります。TMMとか 似たような方法はいろいろあるので一番妥当なのを決めるのは難しいですが、門田先生のサイトにいくつか紹介されているので試してみては。

(無題) 削除/引用 No.10443-5 - 2022/05/06 (金) 05:58:37 - おお >ちなみに細胞１個あたりのmRNA量を定量する方法ってあるんでしょうか。 よくわかってないが、スパイクを入れたりして補正してたのを見たことがある。Bioinformatics関連の文献で方法論的な話が論文になっている。PMID: 28334202とか。

(無題) 削除/引用 No.10443-4 - 2022/05/06 (金) 05:36:29 - おお >[Re:3] ひとしさんは書きました : > mRNAの送料が増えた都考えるのが妥当なので、逆にactinやgadphでnormalizeして解釈するのがいいのかなと考えています。 mRNAの総量が全体的に増えただけなら、普通はhouse keeping 遺伝子（変動してないと仮定して）が減るという結果にはなりません。

(無題) 削除/引用 No.10443-3 - 2022/05/06 (金) 05:04:00 - ひとし いわゆるhouse keeping 遺伝子と呼ばれる物を調べると、９割以上で似たような差があります。そう考えると、mRNAの送料が増えた都考えるのが妥当なので、逆にactinやgadphでnormalizeして解釈するのがいいのかなと考えています。 ちなみに細胞１個あたりのmRNA量を定量する方法ってあるんでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.10443-2 - 2022/05/06 (金) 04:20:01 - おお 最近ではTPMとかグローバルな標準化でも細胞あたりのRNA量が変化していれば当てにならないという指摘もある。差がある程度弱くなっていても見れているのであれば、それはそれでいいかもしれないという考え方もあるとは思うが、 RNA-seqで下がっていると思われるものをInternal controlに使っている時点でデザインがおかしいくないですか？という指摘もできる。 Internal controlについてはいろいろとどれがいいかなど示した論文やレビューがたくさんあると思うので、その中からあなたのRNA-seqで動いてないものを選べば一番スッキリするのでは。

mRNAの発現レベルのnormalization 削除/引用 No.10443-1 - 2022/05/06 (金) 02:59:06 - ひとし マウスの脂肪組織を材料にmRNAの発現レベルを定量しています。 RNA-seqとvalidationでリアルタイムPCRを行っているのですが、二つのデータに齟齬があり解析方法が妥当か、悩んでいます。 RNA-seqはTPMでnormalizationを行い、リアルタイムPCRはactinやgapdhを基準にしているのですが、actinやgapdhなどコントロール遺伝子自体がTPMベースで見ると、減少しているため、TPMベースで見ると減少している遺伝子が、リアルタイムでは差が弱くなるという問題が生じています。 最終的なデータの提示方法が変わる可能性があるのですが、何を基準にするべきなのでしょうか。。。

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