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ネガコンがマイナス値になったときの比較手法 トピック削除
No.10512-TOPIC - 2022/06/02 (木) 10:26:39 - AAA
いつも勉強させてもらっています。
細胞や動物にルシフェラーゼ遺伝子を導入するレポーターアッセイをしています。
キャリア搭載した遺伝子導入(サンプル) vs キャリアフリーの遺伝子導入(ネガコン)

-空wellや背景(ブランク)
のときの導入効率を比較しています。
実測値-ブランクの値の記載とともに、
「サンプル値はネガコン値の○○倍の導入効率」という比を出しているのですが、
時々、ネガコンの値が低すぎてブランクの値を引くとマイナス値になってしまうことがあります。

サンプルのほうは確実に遺伝子導入で来ているので必ずプラスになるのですが、ネガコンがマイナス値になってしまうと単純にサンプル/ネガコンの比が出せないので「○○倍」という数値が出せません。

学会発表資料など記載の際に単純に実測値の差を示すだけでもいいのですが、何かしら両者の「比」を記載したいように思ってしまいます。
何か適切な方法はないでしょうか?
ご教示ください
 
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(無題) 削除/引用
No.10512-5 - 2022/06/06 (月) 13:01:16 - LR
その系の定量下限(LLoQ)はいくつですか?
ブランクを引いた発光強度がLLoQを下回ってしまった場合は、それらの値はすべてLLoQに置き換えて計算するのが妥当だと思います。

(無題) 削除/引用
No.10512-4 - 2022/06/04 (土) 22:46:31 - cvhj
理論的にはnegative controlは0という建前な訳だから、negative contのーーー倍という比較の仕方はなんか違うと思う、ていうかその、ーー倍という情報は誰も必要としないのでは。

(無題) 削除/引用
No.10512-3 - 2022/06/02 (木) 11:03:52 - おお
キャリアって具体的になんですか?

実験デザインがよくわからないのですがそのネガコンはルシフェラーゼ遺伝子を導入していないのでしょうか?
もし、ネガコンが理論上0になるような場合あなたは0で割っているという理屈になりますが。

ルシフェラーゼを導入してない細胞のLysateを使ったものをベースラインとしてもいいかもしれないけど、それで解決するのかな。

(無題) 削除/引用
No.10512-2 - 2022/06/02 (木) 10:57:16 - ossi
ネガコンの値がブランク値とほぼ同等で実質ゼロ値ということですよね。
それを分母に使って比を出すことは意味があるように思えません。

自分なら、ネガコンでもブランク値を上回るような遺伝子導入条件を探すか、先行研究のキャリアを搭載した遺伝子導入と優劣を比較する実験をデザインして、比が計算できるようにしますが、どうでしょうか?
また、先行研究のネガコンの取り方も参考になると思います。

ネガコンがマイナス値になったときの比較手法 削除/引用
No.10512-1 - 2022/06/02 (木) 10:26:39 - AAA
いつも勉強させてもらっています。
細胞や動物にルシフェラーゼ遺伝子を導入するレポーターアッセイをしています。
キャリア搭載した遺伝子導入(サンプル) vs キャリアフリーの遺伝子導入(ネガコン)

-空wellや背景(ブランク)
のときの導入効率を比較しています。
実測値-ブランクの値の記載とともに、
「サンプル値はネガコン値の○○倍の導入効率」という比を出しているのですが、
時々、ネガコンの値が低すぎてブランクの値を引くとマイナス値になってしまうことがあります。

サンプルのほうは確実に遺伝子導入で来ているので必ずプラスになるのですが、ネガコンがマイナス値になってしまうと単純にサンプル/ネガコンの比が出せないので「○○倍」という数値が出せません。

学会発表資料など記載の際に単純に実測値の差を示すだけでもいいのですが、何かしら両者の「比」を記載したいように思ってしまいます。
何か適切な方法はないでしょうか?
ご教示ください

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