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qPCRでのグラフ作成 トピック削除
No.10546-TOPIC - 2022/06/15 (水) 15:02:35 - ｆｆ
qPCRでのグラフ作成で迷っていることがあり、質問させていただきます。以下に具体的な状況を書きます。

サンプルAとBの二つがあります。細菌XにウイルスYを感染させていて、蛍光パターンで分けるとAは-のみ、Bは-と+に分けられます。つまり合計で3サンプルあります。


上記のサンプルに関して、細菌XとウイルスYの配列を元にしたprimerでqPCRをかけて、その割合を比較しています。目的はウイルスYです。当然ながらprimerの配列は全く違う遺伝子で増幅しています。

A-は細菌Xのみが増幅されて、サンプルB-とB+はXとYの両方があるけれども割合が異なることが分かりました。

目的はウイルスYなのですが、この場合ウイルスの割合を見るためのグラフには、A-は0、Bのサンプル2つは、Xを基準としたYの相対値でまとめて問題ないでしょうか。
　
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No.10546-7 - 2022/06/17 (金) 12:18:06 - seventh
Xと菌数が相関しているのが示されているなら問題ないと思います。
菌の精製法とか実験のスケジュールによっては死菌溶菌の影響とか出るんじゃないかと疑ってしまいますが。

(無題) 削除/引用
No.10546-6 - 2022/06/17 (金) 02:03:05 - おお
>Aのサンプルに関しては、NDと記載したいと思いますが、3つの棒を1つのグラフに同時に載せていいのでしょうか。

０という数値でグラフにして、NDと明記したらどうですかと言っているのですが、、、なにをどうこんがらがっているのでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.10546-5 - 2022/06/16 (木) 19:17:49 - ｆｆ
細菌の中にウイルスが入りますので、1細菌あたりのウイルスの数を比較したいと考えています。両方ともにDNAを増幅しています。RNAではありません。

Ct値は比較Ct法で補正しています。

二つのプライマーセットは全く違う生物の違う遺伝子を増幅しているわけですが、Xでnormalizeして、Yの量を比較していいのでしょうか？

Aのサンプルに関しては、NDと記載したいと思いますが、3つの棒を1つのグラフに同時に載せていいのでしょうか。
頭がこんがらがっています。

(無題) 削除/引用
No.10546-4 - 2022/06/16 (木) 01:25:47 - おお
>目的はウイルスYなのですが、この場合ウイルスの割合を見るためのグラフには、A-は0、
どうしてもそうしたいなら、０にしておいてND（Not detected)と添えておくのはありかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.10546-3 - 2022/06/16 (木) 01:23:26 - おお
ちょっと実験デザインがよくわかりませんが、グラフにするよりも「サンプルB-とB+はXとYの両方があるけれども割合が異なる」ことが一目でわかるぐらいのCycle数でとめて、電気泳動してバンドを示したほうがわかりやすいと思います。その上でその写真にそれぞれのCt値を添えておけば、Aでは検出されないとかそういうのが明確になると思いますがどうでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.10546-2 - 2022/06/15 (水) 17:24:59 - seventh
この書き方だとXで測定してるのが細菌のゲノムなのかmRNAなのかわからないと思いますが。
Xを何の基準（生細菌数、なにかの活性etc）として使いたいのか、実際にXとそれが相関しているかが明らかになっていないとその補正法自体が正しいのか判断できません。

qPCRでのグラフ作成 削除/引用
No.10546-1 - 2022/06/15 (水) 15:02:35 - ｆｆ
qPCRでのグラフ作成で迷っていることがあり、質問させていただきます。以下に具体的な状況を書きます。

サンプルAとBの二つがあります。細菌XにウイルスYを感染させていて、蛍光パターンで分けるとAは-のみ、Bは-と+に分けられます。つまり合計で3サンプルあります。


上記のサンプルに関して、細菌XとウイルスYの配列を元にしたprimerでqPCRをかけて、その割合を比較しています。目的はウイルスYです。当然ながらprimerの配列は全く違う遺伝子で増幅しています。

A-は細菌Xのみが増幅されて、サンプルB-とB+はXとYの両方があるけれども割合が異なることが分かりました。

目的はウイルスYなのですが、この場合ウイルスの割合を見るためのグラフには、A-は0、Bのサンプル2つは、Xを基準としたYの相対値でまとめて問題ないでしょうか。
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