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NCBIを用いてドメイン配列を知るには トピック削除
No.10548-TOPIC - 2022/06/15 (水) 17:12:20 - YUZ
あるタンパク質のあるドメインのみを、タグ融合タンパク質として発現するコンストラクトを構築しようとしています。

NCBIや文献などであるタンパク質のアミノ酸配列中のどこからどこアミノ酸残基がドメインであるかはわかりました。

質問させていただきたいのは、mRNA配列や遺伝子配列で、ドメインがコードされている場所を知るにはどうしたらよいのでしょうか？ということです。
データベースの使い方を調べたりNCBI色々と触ってみてはいますが、なかなかたどりつけなくて困っています。

タンパク質のドメイン位置からCDSに逆算？して核酸配列のどこがドメインをコードしているか計算することはできそうですが、間違いがあると困りますしデータベース上できちんと示されている値を使うほうがよいかと思っています。

初歩的質問ですが聞ける人間が周りにいなくて、何卒よろしくお願いします。
　
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No.10548-7 - 2022/06/16 (木) 10:43:44 - YUZ
qqさん、ありがとうございます。
実験すすめてみようと思います。

皆様ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.10548-6 - 2022/06/16 (木) 09:51:00 - qq
タグをつけて発現させるのであれば、ウェスタンで良いような気がします。

(無題) 削除/引用
No.10548-5 - 2022/06/16 (木) 09:23:19 - YUZ
皆様ありがとうございます。

やっぱり自分で翻訳などして対応を見ていくという方法なのですね。
データベースにはっきり示されているのかと思っていました。

持っている解析ソフトとはSNAPgeneというフリーのものです。使い方勉強してみます。
qqさん、その後の発現確認も必要ですね。ちなみに確認方法はウエスタンブロットですよね？

おおさんがコメントされたBLASTの方法もこれ機に使ってみたいと思います。

(無題) 削除/引用
No.10548-4 - 2022/06/16 (木) 01:03:40 - おお
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=tblastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome

Translated BLAST: tblastn
ていうのがあって、アミノ酸配列からそのmRNAの塩基配列に相同性をもつmRNAを探してくれるブラストがあります。多分これで１００％の相同性のものをみて（多分１番目に表示してくれるでしょう）、マッチする部分を抽出してくれている部分を見ればいいと思います。もしお手元にDNA解析用ソフトが有るなら某の方法ですぐに見つけられるとは思いますけどね、、、

(無題) 削除/引用
No.10548-3 - 2022/06/15 (水) 17:38:03 - qq
＞データベース上できちんと示されている値
も当然間違いがある可能性があり得ますから、間違いがないことは自分で確認する必要があります。

そのタンパク質の完全長cDNAをダウンロードして、ApEその他のDNA配列エディタでアミノ酸配列上のドメイン領域に対応するDNA配列を確認するのが普通だと思います。
それを発現させたいのでしょうから、発現プラスミドにin-frameで挿入して、ちゃんと発現することを確認する必要もあるでしょう。
何らかのDNA配列エディタが必要だと思います。

(無題) 削除/引用
No.10548-2 - 2022/06/15 (水) 17:30:42 - seventh
部分CDSが得られるなら翻訳してみてドメインアミノ酸配列と比較してみればよいのでは。

NCBIを用いてドメイン配列を知るには 削除/引用
No.10548-1 - 2022/06/15 (水) 17:12:20 - YUZ
あるタンパク質のあるドメインのみを、タグ融合タンパク質として発現するコンストラクトを構築しようとしています。

NCBIや文献などであるタンパク質のアミノ酸配列中のどこからどこアミノ酸残基がドメインであるかはわかりました。

質問させていただきたいのは、mRNA配列や遺伝子配列で、ドメインがコードされている場所を知るにはどうしたらよいのでしょうか？ということです。
データベースの使い方を調べたりNCBI色々と触ってみてはいますが、なかなかたどりつけなくて困っています。

タンパク質のドメイン位置からCDSに逆算？して核酸配列のどこがドメインをコードしているか計算することはできそうですが、間違いがあると困りますしデータベース上できちんと示されている値を使うほうがよいかと思っています。

初歩的質問ですが聞ける人間が周りにいなくて、何卒よろしくお願いします。
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