Bio Technical フォーラム

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なくなったATG トピック削除
No.1059-TOPIC - 2012/10/26 (金) 00:16:00 - 通りすがり
 漠然とした質問で恐縮です。

 分子全長のRT−PCRで既知の分子をクローニング(発現ベクター用)しようとしたところ、開始コドンを含むエクソンが一つ欠損した分子を見つけました。希望的観測で、(酵素なのですが)活性が従来の分子と違うスプライスバリアントをとってきたと仮定ています。

 従来の開始コドンがなくなっているのですが、新しい開始コドンが前後のどのATGなのかと、あたりをつけるルールのようなものはあるのでしょうか。(従来のものとフレームがあってほしいという希望的観測はあるのですが。。。)

 この手のことに詳しくないので、初歩的なことだとは思うのですが、ご教授いただければ幸いです。
 
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勉強になりました 削除/引用
No.1059-3 - 2012/10/26 (金) 01:42:33 - 通りすがり
 大変詳しい解説で勉強になります。教えてもらったことをもとに、自分でももっと勉強してみます。ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.1059-2 - 2012/10/26 (金) 01:35:52 - おお
ルールといわれると、あるといえるかどうかわかりませんが、一番簡単なのはATG付近の配列にGFPなどを融合してGFPが発現するかとかを見ればいいかもしれませんね。RNAを取ってきたもとの細胞でWBするとサイズの違うタンパクが検出されますか?

あと、複数の開始コドンがあるタンパクがいくらか報告があるので(タンパク名を思い出せないですが、、たぶんmycもそうだったと、、)そういう文献を探すといいかもしれません。mRNAがタンパクを発現するかを調べるためによくin vitro translationがつかわれます。

なくなったATG 削除/引用
No.1059-1 - 2012/10/26 (金) 00:16:00 - 通りすがり
 漠然とした質問で恐縮です。

 分子全長のRT−PCRで既知の分子をクローニング(発現ベクター用)しようとしたところ、開始コドンを含むエクソンが一つ欠損した分子を見つけました。希望的観測で、(酵素なのですが)活性が従来の分子と違うスプライスバリアントをとってきたと仮定ています。

 従来の開始コドンがなくなっているのですが、新しい開始コドンが前後のどのATGなのかと、あたりをつけるルールのようなものはあるのでしょうか。(従来のものとフレームがあってほしいという希望的観測はあるのですが。。。)

 この手のことに詳しくないので、初歩的なことだとは思うのですが、ご教授いただければ幸いです。

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