Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る | トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

市販の蛍光色素入りDNAマーカーは移動度に影響をうけているか? トピック削除
No.1064-TOPIC - 2012/10/27 (土) 14:50:09 - Harmonia
最近、Loading Bufferに蛍光色素(インタカレータ)の入ったマーカーが
いろいろ出てきましたが、色素の種類によって、DNAの単位時間当たりの
泳動距離(見かけの大きさ)に影響は無いでしょうか?

あるなら、マーカーと同じLoading Bufferをサンプルに使うしかない。

(あらためまして、たてました)
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



4件 ( 1 〜 4 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.1064-4 - 2012/10/27 (土) 23:43:09 - おお
ほかのとぴであがっていました。
http://www.bio-craft.co.jp/topimage/201201a.pdf

おそらくGelRedなどを含めEtBrよりは高価ですからローディングバッファーに入って提供されていない色素でも、節約のためにためされた方はいるかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.1064-3 - 2012/10/27 (土) 16:59:56 - AP
製品としてそういうものがあることは知りませんでした。
どういう時につかうんですか?何が便利なのでしょうか。

話はちがいますが、ホルムアルデヒド変性でRNA泳動する時、最近のトレンドはサンプルやマーカーを変性する段階で、少量のEtBrを入れて(おそらく架橋で)結合させます。この時、移動度やハイブリの感度に影響を与えない濃度と言うのが原著に出ていました(数字は失念)。

(無題) 削除/引用
No.1064-2 - 2012/10/27 (土) 16:28:23 - in situ
色素の種類によってかはわかりませんが、少なくともSYBR safeを泳動サンプルにいれたところ、高濃度では特に泳動速度が低下しました。
1/100程度いれたところ、泳動速度が入れていないものの2/3程度まで低下しました。

ただ、1/10000程度ならば、入れないものと全く変わらず、検出感度としてはこのレベルで十分あったので、おそらく市販のマーカーにも泳動速度がそれほど変化しないレベルの蛍光色素しか入っていないと思います。
ただ、短いDNA断片を泳動するときなどは注意が必要かもしれませんね。

市販の蛍光色素入りDNAマーカーは移動度に影響をうけているか? 削除/引用
No.1064-1 - 2012/10/27 (土) 14:50:09 - Harmonia
最近、Loading Bufferに蛍光色素(インタカレータ)の入ったマーカーが
いろいろ出てきましたが、色素の種類によって、DNAの単位時間当たりの
泳動距離(見かけの大きさ)に影響は無いでしょうか?

あるなら、マーカーと同じLoading Bufferをサンプルに使うしかない。

(あらためまして、たてました)

4件 ( 1 〜 4 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。