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mRNA相対量の有意差検定について トピック削除
No.1075-TOPIC - 2012/10/30 (火) 14:54:35 - Tukey
すみません、文章が途中で切れていました。

刧僂t法を用いてmRNA発現量をみています。
今、下記に示しますような、A群からC群の3群のmRNAの相対量のデータがあります。各群n=6で、A群の相対量を1としています。

相対量  SE
A 1.000 ± 0.155
B 0.539 ± 0.057
C 2.650 ± 0.470

これをTukey法で有意差検定した場合、A群とC群、B群とC群は有意差ありになるのですが、A群とB群で有意差がありません (p=0.5位です) 。
グラフを作ってみると、A群とB群でも有意差がありそうに見え、参考にA群とB群でt検定をするとp<0.05となり有意差があります。

対照群の値に対して値が大きい群と小さい群がある場合で多重比較検定をすると、対照群と値の小さい群では有意差が出にくいということはあるのでしょうか。
 
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(無題) 削除/引用
No.1075-9 - 2012/11/01 (木) 10:19:28 - Tukey
皆様、いろいろなアドバイスを有難うございます。

今回は、統計的に有意差を出すためというわけではなく、不適な統計解析をして実験結果を不当に評価しているかもしれないと思って質問させて頂きました。統計についてもっと勉強したいと思います。

(無題) 削除/引用
No.1075-8 - 2012/11/01 (木) 09:44:30 - Steel
多分ご理解されているとは思いますが
統計学的な有意差を「出す」ために検定手法を選択するというのも
どうなのかなあ。

実験系がin vivoなのかin vitroなのか分かりませんが
box plotとかで視覚に訴えるのも一つの手かと。
もちろん統計値も示した上で。

(無題) 削除/引用
No.1075-7 - 2012/10/31 (水) 15:07:05 - おお
>[Re:6] Tukeyさんは書きました :
> in situ様
> わかりやすい御説明を有難うございます。
> 確かに今回のデータの場合、等分散性や正規性に問題があり、Tukey法は不適な様です。ノンパラメトリックな方法を検討したいと思います。
>
> Steel様
> 仰られる通り、今回の場合はSteel-Dwass法で検定するのが良いようです。
> アドバイス頂き有難うございます。

ノンパラ数的にはちょっと少ないような気が。。。それでも有意さが出るかもしれませんけど。。。

でももし同じ試料を測っていたらな正規性に問題がでるだろうか、、、そうじゃないのかもしれませんけど。

同時にすべてのグループをはかって6回繰り返したのなら、ratio-pairedとかやりようがあるかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.1075-6 - 2012/10/31 (水) 14:50:16 - Tukey
in situ様
わかりやすい御説明を有難うございます。
確かに今回のデータの場合、等分散性や正規性に問題があり、Tukey法は不適な様です。ノンパラメトリックな方法を検討したいと思います。

Steel様
仰られる通り、今回の場合はSteel-Dwass法で検定するのが良いようです。
アドバイス頂き有難うございます。

(無題) 削除/引用
No.1075-5 - 2012/10/31 (水) 11:41:49 - Steel
単純にSteel-Dwass法じゃダメですか?

(無題) 削除/引用
No.1075-4 - 2012/10/30 (火) 19:00:14 - in situ
よく見たらSDじゃなくてSE使っていますね。
SDに直してみると

A群 1.000 ± 0.380
B群 0.539 ± 0.139
C群 2.650 ± 1.151

ですから、ずいぶんばらつきが大きいんですね。
こう見てみると多重比較じゃないにしろ、A群とB群は明らかに差があると言えるレベルではないです。

Tukey法は全ての群が等分散正規分布であることを仮定していますので、このように各群の分散が明らかに異なる場合は、平均値が小さいものが影響を受けて有意差は出にくくなります。

各群の比較をWelchのt検定で行って、Bonferroni法で補正したらひょっとしたら有意になるかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.1075-3 - 2012/10/30 (火) 18:01:11 - Tukey
in situ様

ありがとうございます。
検定の手順について統計ソフト上でデータを入力し、Tukey法で検定 (自動的にANOVA→Tukeyとされます) した後の解析結果をみますと、どうもA群、B群、C群のSEが、すべて合わせれられた後均一化され (もともとA、B、C群のSEはそれぞれ0.155、0.057、0.470ですが、検定時にはすべて0.291となってしまっています) 、そしてTukey法により有意差検定が行われているようです。

統計に詳しくないのですが、Tukey法あるいは多重比較検定ではこのようなことがおこるのでしょうか。それとも私のやり方が間違っているのでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.1075-2 - 2012/10/30 (火) 16:56:43 - in situ
多重比較検定云々というより、単に平均値に対してのSE(SD)の比率の問題だと思います。

ただ、A群とB群の比較でp=0.5くらいになるのは感覚的におかしいです。

何か検定の仕方を間違えていませんか?

mRNA相対量の有意差検定について 削除/引用
No.1075-1 - 2012/10/30 (火) 14:54:35 - Tukey
すみません、文章が途中で切れていました。

刧僂t法を用いてmRNA発現量をみています。
今、下記に示しますような、A群からC群の3群のmRNAの相対量のデータがあります。各群n=6で、A群の相対量を1としています。

相対量  SE
A 1.000 ± 0.155
B 0.539 ± 0.057
C 2.650 ± 0.470

これをTukey法で有意差検定した場合、A群とC群、B群とC群は有意差ありになるのですが、A群とB群で有意差がありません (p=0.5位です) 。
グラフを作ってみると、A群とB群でも有意差がありそうに見え、参考にA群とB群でt検定をするとp<0.05となり有意差があります。

対照群の値に対して値が大きい群と小さい群がある場合で多重比較検定をすると、対照群と値の小さい群では有意差が出にくいということはあるのでしょうか。

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