微生物の全ゲノム解析をしているのですが、自分の作った系統樹と論文で見かける系統樹の形が異なるので助言をお願い致します。
・困っていること
外群と微生物ゲノム10株について最尤法(IQ-TREE, SNPsオプション使用)で系統関係を計算し、iTOLで系統樹を可視化。この時、外群の枝が長くなりすぎて、肝心の微生物ゲノム10株の系統関係が圧縮されて見えなくなってしまう。関連論文を見ると自分のような外群が凸になり過ぎている系統樹はみられない。
・思い当たる解決策
外群の枝の長さを省略する。iTOLではオプションが無さそうなので、どなたか方法論をご助言下さい。
・懸念している別の要因
論文ではレファレンス配列の全長にSNPsを埋め込んだ仮想ゲノムを株毎に作成して系統解析している。自分はSNPsサイトのみを使用して系統解析している。この違いも関係するのでしょうか。また、方法論としてSNPsサイトのみを抽出して系統解析するのは間違っているのでしょうか。
ラボで系統解析の分野に詳しい同僚がおらず、検索しても明確な回答がわからず困っています。どなたかご助言下さい。
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