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(無題) 削除/引用 No.11000-7 - 2022/12/01 (木) 21:43:20 - qq ＞#!/usr/bin/env python3 これは、シバンとよばれて、スクリプトファイルの頭にあって、実行プログラムを指定するために使われます。 そのスクリプトファイルを実行可能ファイルに設定しておくと、実行プログラムをわざわざ指定しなくても、使用できるということです。 python3 prepDE.py3 -i sample_list.txt としなくても、 prepDE.py3 -i sample_list.txt とするだけで、実行されるというわけです。 ダウンロードしたファイルは、そのままでは実行可能に設定されていないでしょう。 シバンを有効にしたければ、実行可能に設定し直す必要があります。 詳細は自分で調べてくださいな。

(無題) 削除/引用 No.11000-6 - 2022/12/01 (木) 07:06:02 - k ありがとうございます。ちょっと根本的な勘違いをしていたようです。prepDEのコードを走らせてインストールするものと勘違いしてました。prepDEのコードをサンプルリストと同じフォルダに保存して、実行コードを書けばよかったんですね。 ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.11000-5 - 2022/11/30 (水) 23:36:17 - qq 私はprepDE.py3を使ったことのないLinuxユーザです。 ＞prepDE.py3のインストールコードをPython3(version 3.9.13)にコピペすると 用語の使い方が間違っているのか？状況が把握できません。 1)ターミナルでpython3を起動できますか？ 起動できるのであれば、sample_list.txtのあるフォルダに、prepDE.py3のコードをダウンロードして、 python3 prepDE.py3 -i sample_list.txt もしくは、 python prepDE.py3 -i sample_list.txt とすると、なにか実行されるのではないでしょうか？ 最初の6行あたりの from optparse,,,辺りがpipされていないとerrorになるでしょう。

(無題) 削除/引用 No.11000-3 - 2022/11/30 (水) 22:32:08 - k ありがとうございます。 私の書き方が悪かったのですが、prepDE.py3のインストールができません。 インストールコード(#!/usr/bin/env python3で始まる)をターミナルに直接入力してみたのですが、やはりエラーになってしまいます。

(無題) 削除/引用 No.11000-2 - 2022/11/30 (水) 19:36:35 - pa 私はユーザーではないのですが、書かれた情報から推測して、手順を変更することで問題が解決できそうです。 失敗した手順では、pythonの対話実行環境を起動して、そこにprepDE.py3の中身をコピペして実行しようとしており、そのためインデントがずれてエラーが起きていると推測します。prepDE.py3は通常のシェルからの呼び出しで動くスクリプトで、対話実行環境には対応していないと思われます。 適切な手順として、ターミナルで直接'python prepDE.py3 -i sample_list.txt' などのようにコマンドを実行すればうまくいくと思いますのでお試しください。

RNAseqの解析（prepDE.py3のトラブル) 削除/引用 No.11000-1 - 2022/11/30 (水) 17:23:50 - k バイオインフォマティクスの解析を始めた初心者です。 prepDE.py3のインストールのトラブルについて、解決法、または普通に使えているかどうかわかる方がいらっしゃいましたら教えて頂きたいです。 RNAseqデータをHISAT2でマッピング、StringtieでリードカウントをGTF形式で出力しました。その後prepDE.py3でタブ区切りcsvファイルに変換したいのですが、Stringtieのウエブサイトに公開されているprepDE.py3のインストールコードをPython3(version 3.9.13)にコピペすると、大量のindatation errorが出てインストールに失敗します。（使用機器はMac OS Monterey 12.6.1です) コードに問題があるのか、環境特異的な問題なのかわかりません。prepDE.py3が問題なく使えている方はいらっしゃいますでしょうか？ この問題が解決しない場合、STARでマッピング、RSEMで発現量の出力を行えばprepDE.py3の使用は回避できるという理解で合っていますでしょうか？

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