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遺伝子変異の影響を比較するには。 トピック削除
No.11095-TOPIC - 2023/01/06 (金) 08:04:47 - JG
ある癌の遺伝子変異の細胞への影響を調べています。
WTとmutatnt proteinを過剰発現させているのですが、RNA-seqで解析すると差はわずかです。nを増やしたら差があるのかどうか分かりません。

今は比較をWTとmutantで行っていますが、vectorとmutantで比較するのは、妥当ではないですよね?

自分の中では、WTを過剰発現させると、mutantと同じような効果が出てしまい差が出づらいのではないかとも愚考しています。
一方で、Cas9で1つだけ変異を加えると差が小さすぎて、これまた検出しづいらいのではないかと思っているのですが。。。

癌の1つの変異って細胞に劇的な影響は与えないもんなんですかね。
 
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(無題) 削除/引用
No.11095-3 - 2023/01/06 (金) 15:21:31 - G25
がん関連遺伝子の野生型と変異型を汎用の培養細胞に導入して過剰発現しているという理解であっていますか。

それによって外見上の表現型の変化(フォーカスやコロニーを形成するとか)はないのですよね。だけど、遺伝子発現は変化しているかもしれないという仮説なんですよね。

>自分の中では、WTを過剰発現させると、mutantと同じような効果が出てしまい差が出づらいのではないかとも愚考しています。


でしたら、非遺伝子導入細胞(空ベクター)とWT過剰発現で差が見られるはず。そういう疑いを持っているなら、

>今は比較をWTとmutantで行っていますが、vectorとmutantで比較するのは、妥当ではないですよね?

WT, mutantに空も加えて三者で比較したらいいんじゃないですか。

>癌の1つの変異って細胞に劇的な影響は与えないもんなんですかね。

その遺伝子の出どころがわからないですが、いわゆるがん遺伝子 oncogeneじゃなくて、がん細胞のなかで見つかった未知の変異で、それががん化や増悪に関わっているかどうかはわかっていなんじゃないですか。
がん細胞で見つかった変異だから、生理的に影響があってそれががんと関連性がある、とは限らないじゃないですか。
また仮に関連があったとしても、それ単独ではなにもおこさないが、ある条件(他の因子によってがん化が起こっているとか)になると、促進的な影響を与えるものかもしれません。


>癌の1つの変異って細胞に劇的な影響は与えないもんなんですかね。

多段階発がん説というのもあるくらいですから。

(無題) 削除/引用
No.11095-2 - 2023/01/06 (金) 11:39:23 - おお
>[Re:1] JGさんは書きました :

> 今は比較をWTとmutantで行っていますが、vectorとmutantで比較するのは、妥当ではないですよね?

なにか見つかったとして、それをWTと比べろと指摘されるだろうし、その時にWTとミュータントで差がなかったら、配列は違うけどWTの機能が維持されてますよねと言われてそれでおしまい。

>
> 自分の中では、WTを過剰発現させると、mutantと同じような効果が出てしまい差が出づらいのではないかとも愚考しています。
> 一方で、Cas9で1つだけ変異を加えると差が小さすぎて、これまた検出しづいらいのではないかと思っているのですが。。。
>
> 癌の1つの変異って細胞に劇的な影響は与えないもんなんですかね。

変異によってスプライシングやmRNAの安定性などが変わることもあります。あと培養細胞レベルでは変わらなくてもIn vivoで変わるかもしれないし、ある条件下やある細胞種で変わる場合もあるかもしれません。

遺伝子変異の影響を比較するには。 削除/引用
No.11095-1 - 2023/01/06 (金) 08:04:47 - JG
ある癌の遺伝子変異の細胞への影響を調べています。
WTとmutatnt proteinを過剰発現させているのですが、RNA-seqで解析すると差はわずかです。nを増やしたら差があるのかどうか分かりません。

今は比較をWTとmutantで行っていますが、vectorとmutantで比較するのは、妥当ではないですよね?

自分の中では、WTを過剰発現させると、mutantと同じような効果が出てしまい差が出づらいのではないかとも愚考しています。
一方で、Cas9で1つだけ変異を加えると差が小さすぎて、これまた検出しづいらいのではないかと思っているのですが。。。

癌の1つの変異って細胞に劇的な影響は与えないもんなんですかね。

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