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(無題) 削除/引用 No.11096-3 - 2023/01/06 (金) 22:13:31 - ERT ジャーナルが要求してくるとかこないとかいう以前に、western bolottingでリン酸化formのシグナルが増えたというデータを得た場合、それが、当該タンパク質の発現が増加したことを反映したものなのか（遺伝子発現の変化に起因）、当該タンパク質のリン酸化が増加して細胞内の当該タンパク質プールに占めるリン酸化フォームの割合が増えたのか（リン酸化カスケードの活性化など翻訳後修飾レベルの変化に起因）、あるいはその両方か、という疑問が生じると思われます。リン酸化フォームのシグナル強度を当該タンパク質のシグナル強度で割れば当該タンパク質の変動は補正されますので（この時、シグナル強度が直線性のある範囲にあることは確認してください）、検討対象とする実験群間で比較することで、これ自体ラフなやり方ではありますが、それでも上記の点はクリアになると思われます。

(無題) 削除/引用 No.11096-2 - 2023/01/06 (金) 13:50:10 - おお 活性化ERK1/2が増えていれば非リン酸化フォームが少なくてもERK1/2から下流へのシグナルが増強されているわけだし、活性化ERK1/2が減っていれば非リン酸化フォームが多くてもERK1/2から下流へのシグナルは減弱している。 しかし視点を変えると、ERK1/2をどれくらいリン酸化する活性があるかを見るためには非リン酸化フォームとリン酸化フォームを比べるべきともいえる（ただし細胞内では遺伝子発現、タンパクの安定性などを介したネガティブ、ポジティブフィードバックもあるので実験デザインも慎重考えないといけないかも）。 まあ実験次第なので何を示したいのかよく考えてください。

Westernblotの結果解釈 削除/引用 No.11096-1 - 2023/01/06 (金) 13:05:09 - tk 初歩的な質問かもしれません。 癌のとある膜受容体阻害の研究を行っています。 ActinやαTubulinなどのコントロールは薬剤濃度またはトランスフェクションによらず一定で安定しているのですが、AKT、ERK1/2などの基質が安定しません。phospho- は一律に低下しているので結果としてはよいのですが、一方totalがばらついたり、減少したりします。 レビューによってはDensitometeryを要求してくるジャーナルもありますが、このような場合皆さんは基質の変動に対してどのように解釈していますか？ 今回は安定しているTubulinに対するRelative expressionとしてリン酸化シグナルの低下があればOK、ということにしてみようと思いますが、正直分母はtotalの基質が望ましいと思うので、困っています。

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