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(無題) 削除/引用 No.11103-3 - 2023/01/12 (木) 04:42:17 - おお https://www.rna-seqblog.com/ribo-depletion-in-rna-seq-which-ribosomal-rna-depletion-method-works-best/ So which ribo-depletion method works best? Poly-A selection might be the most efficient method when only focussed on protein-coding genes, but....such as microbial sequencing or in sequencing degraded or FFPE samples, poly-A selection cannot even be applied or may perform poorly. Physical rRNA removal offers the advantage of retrieving more transcriptomic information but comes at a cost of greater intronic/intergenic reads that necessitates a greater sequencing depth.  rRNAを除いてもtRNAsとかUsnRNAsってrRNAに匹敵するぐらいものすごい量細胞にあると思うし、書かれているようにスプライシングの前の未成熟のRNAも読まれるので解釈的にどうするのか、できるのか。データーから成熟型とそうでないものを分けて数値化するのは難しいような気がする（知っているがいたら教えてほしい）。シンプルにmRNAを読むより多種類のRNAが混じっているのは指摘があるようにDepthを稼がないといけないのでそこにお金をかける価値があるのか。

(無題) 削除/引用 No.11103-2 - 2023/01/12 (木) 01:39:24 - おお RNAの精製の仕方によっては、100ベース以下のものが排除されていることがありますが、それはどうなんですか。

RNA-seqをribodepretionで行うか否か 削除/引用 No.11103-1 - 2023/01/11 (水) 13:30:51 - EDC 処理群と未処理群に関して、RNA-seqを行う予定です。ribodepletionと通常のmRNA-seqの2種類があるのは分かるのですが、みなさんどちらを選んでいますか。もちろん、tRNAやmiRNAなどのnon-codingが解析できるのはわかるのですが、いつも迷います。 実際の使用した経験のある方いますか。

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