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(無題) 削除/引用 No.11114-3 - 2023/01/14 (土) 23:51:19 - D ありがとうございます。 アンチセンス鎖の特異性を一度確認していれば、以降は毎回センス鎖をネガティブコントロールにとらなくても良いということでしょうか？ 回ごとに実験条件が全く同じというわけには行かないのでセンス鎖は毎回入れておくようにという文化のラボにいるのでそのようにしていましたが、上記のような方法はメジャーなのでしょうか？ しかし、毎回センス鎖をネガコンに置くとしてもわざわざKDを使わなくても良いというのはおっしゃる通りだと思いました。ありがとうございます。

うーん 削除/引用 No.11114-2 - 2023/01/14 (土) 20:00:09 - msm わざわざノックダウンした個体を使ってセンスプローブを試す必要はないんじゃないでしょうか。 コントロール（野生型？）群でそれぞれn=3でもいいのでアンチセンスプローブとセンスプローブを試し、アンチセンスプローブの特異的なシグナルを検出できれていれば十分。 あとはノックダウンした個体全てといくつかのコントロール個体をアンチセンスプローブだけ使って染色すればいいように思います。（ノックダウン個体とコントロール個体のシグナルを厳密に同じ染色条件で比較するためここでもコントロールのサンプルはきちんと入れておきたい）

in situ hybridization 削除/引用 No.11114-1 - 2023/01/14 (土) 19:14:12 - D whole mountのin situ hybridizationの実験デザインについて質問です。 ある遺伝子のKD個体 vs コントロール個体で、その下流候補遺伝子のin situを行なっています。 この時、AS鎖とS鎖の個体数は同数にしなければならないのでしょうか？ CRISPR/Cas9によるKDのF0を使って解析しているため表現系にむらがあるかつKDの個体数も多くないので、AS鎖に使うKD個体をなるべく多くしたいという考えです。 例えばサンプルが20個体ある場合、ASに15個体Sに5個体を使うといったことは問題になるでしょうか。 ちなみに1度実験は行なっていてS鎖のプローブはほとんどノンスペが上がってこないことを確認済みです。 どなたかご回答くだされば幸いです。 よろしくお願いいたします。

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