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プラスミドのコザック配列とSD配列の違いについて トピック削除
No.11493-TOPIC - 2023/06/04 (日) 18:28:02 - taichi
こちら掲示板で質問させてください。
現在、プラスミドの発現ベクターでタンパクの発現系の実験を検討中です。

調べていくうちに疑問に思ったのですが、ベクターのインサートの手前にリボソーム結合領域として、真核生物由来のコザック配列と、原核生物由来のSD配列(ジャンダルガノ配列)を付加する場合があるかと思います。

こちらのふたつの使い分けはどのようにすればいいのでしょうか?

大腸菌内では発現させる場合にSD配列を用いて、ヒト由来の細胞株などで発現させる場合にコザック配列を使用するのでしょうか?
誰かご存じの方いらっしゃれば、どうぞよろしくお願いいたします
 
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(無題) 削除/引用
No.11493-7 - 2023/06/06 (火) 02:09:27 - おお
pETシリーズの大腸菌での発現ベクターはSD配列が入っていますね(たしかRBS)と表示されているかと。SD配列から1stMetまでの距離に制限があるので、pETだったらN-末タグの1stMetを使うのがいいと思いますが、N-末タグを使いたくない場合その位置に発現したいタンパクのMetを置くようにしたらいいとおもいます。

>ベクター内のCMVなどにもTATAボックスは必須

大抵の哺乳動物細胞のプロモーターにはTATAボックスかそれに相当するエレメントがついています。プロモーターというものはそういうものです。

Kozak配列に関しては昔詳しく知らないときにKozak配列なしでConstructionした時、しっかりとした発現が得られなかったことがあるので、ACC-ATGぐらいのミニマムのものはつけることにしています。

(無題) 削除/引用
No.11493-6 - 2023/06/05 (月) 21:41:19 - taichi
774Rさま G25さま

ご返信ありがとうございます。

SD配列とコザック配列の使い分けについてよく理解できました。
ありがとうございました。参考にいたします。

(無題) 削除/引用
No.11493-5 - 2023/06/05 (月) 18:47:01 - G25
細菌と真核生物ではリボソームも違えば翻訳開始の仕組みも違います。
SD配列あるりはリボソーム結合配列 RBSの作用機序とKozak配列の作用機序も違い、交換不能です。

(無題) 削除/引用
No.11493-4 - 2023/06/05 (月) 14:26:11 - 774R
市販の大腸菌用発現ベクターは既にSD配列は入ってますよ。
Kozakは入れておけば安心くらいな程度。天然に存在するmRNAでもKozakがないものもあるくらい。

(無題) 削除/引用
No.11493-3 - 2023/06/05 (月) 08:15:54 - taich
おおさま
返信いただきありがとうございます。

ということは、ヒト細胞内で発現させる場合はコザック配列を導入し、大腸菌発現ではSD配列を導入するのですね…
ベクターマップを調べても、SDやコザックがないものがあったのですから使い分けが?となってしまいました。
そもそもこれらの配列は必須ではないと考えて問題ないでしょうか?
また、ベクター内のCMVなどにもTATAボックスは必須ではないと考えて大丈夫でしょうか?

(無題) 削除/引用
No.11493-2 - 2023/06/05 (月) 07:13:18 - おお
真核生物由来のコザック配列
原核生物由来のSD配列

自身で答えを書いてますが、、、
それとも、その事自身を疑問に思っているという事ですか?

プラスミドのコザック配列とSD配列の違いについて 削除/引用
No.11493-1 - 2023/06/04 (日) 18:28:02 - taichi
こちら掲示板で質問させてください。
現在、プラスミドの発現ベクターでタンパクの発現系の実験を検討中です。

調べていくうちに疑問に思ったのですが、ベクターのインサートの手前にリボソーム結合領域として、真核生物由来のコザック配列と、原核生物由来のSD配列(ジャンダルガノ配列)を付加する場合があるかと思います。

こちらのふたつの使い分けはどのようにすればいいのでしょうか?

大腸菌内では発現させる場合にSD配列を用いて、ヒト由来の細胞株などで発現させる場合にコザック配列を使用するのでしょうか?
誰かご存じの方いらっしゃれば、どうぞよろしくお願いいたします

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