DNAの転写因子、p53の結合する可能せいのある場所を手元の配列から探したいのですが、p53はコンセンサスがタンデムに出てくる場所に結合して、転写活性を促進すると考えられています。
併し乍ら最近パリンドロームのようにといいますか、タンデムなコンセンサスの一方がアンチセンスになっている(反対の鎖に現れる)ような物がありp53により転写が抑制されるというような報告があります。
最近のWEB上のツールは様変わりしてしまってあまり捜せていませんが、いまのところ見つけたところはp53コンセンサスが同じ方向にタンデムに並んでいるものを見つけているようです。
ここで困ったのはタンデムに並んでないと見つけてくれないと言う所で、タンデムに並んでない配列も見つけてくれば、後者のような違うパターンの物も見つけれるのにと思っています。
みなさんはのご存じのサーチツールはこの点どういうふうになっているでしょうか? |
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