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リピート配列による大腸菌内でのプラスミドのくみかえ トピック削除
No.11622-TOPIC - 2023/07/19 (水) 05:47:42 - xyzw

プラスミドの中に、わりと大きめ(数100base以上)の全く相同な配列が2つあるとき(例えば、GFP-geneX-GFP)、そのプラスミドを大腸菌にトラフォメして増やす際に、大腸菌内のくみかえ酵素が相同配列間でくみかえを起こして、この場合 geneXがのぞかれてしまう、というようなことを聞いたことがあるのですが、これって正しいですか?もし正しいとしたら、なぜ起きるのかいまいち仕組みが理解できていません、詳しい方どうかご教授お願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.11622-6 - 2023/07/25 (火) 00:13:58 - おお
真核生物でも同様の事は起こると思います。ただし相同染色体があるので、より多様な様式があると思います。

(無題) 削除/引用
No.11622-5 - 2023/07/24 (月) 23:00:55 - SYBR master
>[Re:4] xyzwさんは書きました :
> これって原理的にはどんな生物にも起きうることだと思うのですが、
> バクテリア以外でもこういう複製時の'滑り'ってよく起きているんでしょうか。。?

有名どころでは、CAG repeat等のtriplet repeatで起きる物があります。これは特にヒトの病気に関わるのでよく調べられてはいます。

因みに、「滑り」は、PCRでも良く起こっていて、「template switch]、「polymerase slippage」が検索ワードになると思います

(無題) 削除/引用
No.11622-4 - 2023/07/19 (水) 07:08:19 - xyzw
解決にしといて申し訳ないのですが、

これって原理的にはどんな生物にも起きうることだと思うのですが、
バクテリア以外でもこういう複製時の'滑り'ってよく起きているんでしょうか。。?

自分でも調べてみますが、もし詳しい方いましたらコメント残してくださると大変嬉しいです。

(無題) 解決済み 削除/引用
No.11622-3 - 2023/07/19 (水) 07:04:01 - xyzw
おお先生

教えていただいた論文に目を通しました。

くみかえ酵素のはたらきで起きるわけではなく、複製の時に新生鎖がtemplateから'滑る'ことで、あやまった複製の結果、deletionやduplicationが生じるわけですね。これは知りませんでした。。抱いていた疑問(くみかえ酵素の働きで起きるなら、なぜ配列特異性がないのかという点)もスッキリ解決しました。

とても勉強になりましたし、純粋に面白い現象ですね。
大変ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.11622-2 - 2023/07/19 (水) 05:59:56 - おお
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/j.1365-2958.2004.04076.x
どうぞ

リピート配列による大腸菌内でのプラスミドのくみかえ 削除/引用
No.11622-1 - 2023/07/19 (水) 05:47:42 - xyzw

プラスミドの中に、わりと大きめ(数100base以上)の全く相同な配列が2つあるとき(例えば、GFP-geneX-GFP)、そのプラスミドを大腸菌にトラフォメして増やす際に、大腸菌内のくみかえ酵素が相同配列間でくみかえを起こして、この場合 geneXがのぞかれてしまう、というようなことを聞いたことがあるのですが、これって正しいですか?もし正しいとしたら、なぜ起きるのかいまいち仕組みが理解できていません、詳しい方どうかご教授お願いいたします。

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