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(無題) 削除/引用 No.11651-14 - 2023/08/01 (火) 04:19:43 - おお Got it.

(無題) 削除/引用 No.11651-13 - 2023/07/31 (月) 09:06:32 - TE シグナルペプチドがあるかどうかについてですが、この分子は膜複数回貫通型であるGPCRのひとつでして、シグナルペプチドは持たないタイプです。

(無題) 削除/引用 No.11651-12 - 2023/07/31 (月) 08:24:39 - おお 膜タンパクという事ですが、シグナルペプチドがあるたんぱくなのでしょうか？その辺も手掛かりになるかもしれません。場合によっては翻訳開始位置を変えることで２種類のタンパクを発現させるという例は確かあったように思います（局在が変わるとか）。 ヒトとマウスの比較は参考になりますが、場合によっては種でちがうレギュレーションという事もあり得ます。まあそういう可能性があるほかの知見がない限り受け入れられる考え方ではあります。 まあ難しく考えなくてもいいのでしょうが、可能性をいろいろ考えてはしまいますね。

(無題) 削除/引用 No.11651-11 - 2023/07/27 (木) 14:26:36 - TE 皆さま、ご指導ありがとうございます。 UniProtに出典をたどれば遺伝子をクローニングしたという論文であり、そちらを覗いてみたら、1番目のATGからのアミノ酸配列が書いてありました・・・。マス等でのアミノ酸配列解析については、調べた限りでは見つかりませんでした。これは、かなり希少な細胞に発現する分子で、かつ膜複数回貫通型タンパクということもあるかもしれません。もうひとつ、実はわかっていることとして、今回の分子はマウスの配列なのですが、ヒトホモログでは2番目のATGに相当する配列がないことです。その状況下で、2番目のATGからの配列だけを示すのはどういう根拠か、という疑問心もありトピを立てた次第です。

(無題) 削除/引用 No.11651-10 - 2023/07/26 (水) 12:24:57 - おお >[Re:9] kkさんは書きました : > こういうのって結局どちらかわからないし、断言できる人はいないので、発現ベクターには上流側のATGから組み込み、どうしても心配なことがあるなら2つ目のATGから組み込んだベクターも作って、２つとも実験に使って比較するしかないと思います。 まあそういっちゃぁそうなんだけど、そういう探り入れるのをデーターとして論文に載せれるぐらいしたほうがいいかなと思うので前に書いたようなコメントをしたわけです。

(無題) 削除/引用 No.11651-9 - 2023/07/26 (水) 11:50:31 - kk こういうのって結局どちらかわからないし、断言できる人はいないので、発現ベクターには上流側のATGから組み込み、どうしても心配なことがあるなら2つ目のATGから組み込んだベクターも作って、２つとも実験に使って比較するしかないと思います。

(無題) 削除/引用 No.11651-8 - 2023/07/26 (水) 06:28:35 - おお せっかくだから、データーベースの根拠を確認したのちにどちらが翻訳開始位置らしいか（あなたの系で）確認してデーターにしておくとあなたが将来書く論文の質が上がると思います。

(無題) 削除/引用 No.11651-7 - 2023/07/25 (火) 22:57:18 - SYBR master >[Re:4] TEさんは書きました : > 不思議に思うのは、UniProtの方はどういう根拠で2番目のATGから翻訳した配列（だけ）を載せたのかということです。1番目のATGの前の配列がKozakとして十分ではないと判断したということでしょうか？ たぶん、Kozakの強度についてはUniprotは判断していないと思います。UniProtの作成内容に関して余り知らないけど、見たところ過去のデータ(論文や登録された物）を利用して作成されているようですので、 >[Re:5] G25さんは書きました : > 「とあるタンパク質」に関するデータベースそれぞれの記述を丁寧に読む必要があるかも。 > annoationにevidenceの記載が添えられている場合もありますよね。 が正しいと思います。じっさい、自分が取ったことのある有るタンパク質については、転写開始位置が2箇所あり、そのため翻訳開始場所がそのものが異なる事ことがUniProtのデータ内に有りました。UniPort自身ではデータの正しさの判断をしていないと思われます(するにはデータが膨大すぎる）ので、キュレーションそのものは、データベースに書かれているデータ(=reference)から、研究者自身が判断すべきであると考えていると思います。 >[Re:3] おおさんは書きました : > 詳しく調べるとどうも２つのStartコドンがあるだろうという論文も見かけますので、 > PMID: 26472339 DOI: 10.1007/s00018-015-2060-6 転写開始位置が2箇所有る物については、以前聞いた話だと「組織特異的に変わる」or 「SOS反応で変わる」とかが有ったような気がします。あと、ウイルスの話ですが、2番目のATG(フレームが異なる）からも翻訳鎖産物が出ており、そのタンパク質に対する抗体で確認された、みたいな話は聞いたことがあります。個人的な意見ですが、ウイルス特にRNAウイルスに関しては、分子生物学の常識の斜め上の理屈でも十分ありえるかも？と思いながら対応するようにしています。 > もし、実際にどちらから翻訳されるか知りたいというよりは、機能解析のためになんであれ本来の長さで発現させたいという場合では、1番目のATGとその前の10 bp程度を発現ベクターに入れておけば、ナチュラルフォームで産生される（mammalian expression系で）と考えてしまっても大丈夫でしょうか？ 良きアイデアだとは思いますが、一つだけ注意点としては、そのfirst ATGの前の配列に同一フレームでstopコドンがあるかどうかは確認しておいてください。ずいぶん昔ですが、実はそのfirst ATGだと思っていた物が、本当は2番目で、もう一個上流にexonがあり、そちらが本命(その組織で動いている方）だった話を1例だけ知っています。

(無題) 削除/引用 No.11651-6 - 2023/07/25 (火) 22:16:20 - おお 最近はマススペックのデーターでその部位の配列が検出されているか調べていたりもしたと思う。 > 1番目のATGとその前の10 bp程度を発現ベクターに入れておけば、ナチュラルフォームで産生される（mammalian expression系で）と考えてしまっても大丈夫でしょうか？ 保証はできないけど、それは手ですね。

(無題) 削除/引用 No.11651-5 - 2023/07/25 (火) 18:59:37 - G25 塩基配列からの推定翻訳開始点と、タンパク質産物などから実証された翻訳開始点が違っていっるとか。つまりことなるエビデンスによってキュレーションされているのかも。 「とあるタンパク質」に関するデータベースそれぞれの記述を丁寧に読む必要があるかも。 annoationにevidenceの記載が添えられている場合もありますよね。

(無題) 削除/引用 No.11651-4 - 2023/07/25 (火) 17:32:45 - TE タイトル間違い失礼いたしました。転写ではなく翻訳開始位置です。 不思議に思うのは、UniProtの方はどういう根拠で2番目のATGから翻訳した配列（だけ）を載せたのかということです。1番目のATGの前の配列がKozakとして十分ではないと判断したということでしょうか？ もし、実際にどちらから翻訳されるか知りたいというよりは、機能解析のためになんであれ本来の長さで発現させたいという場合では、1番目のATGとその前の10 bp程度を発現ベクターに入れておけば、ナチュラルフォームで産生される（mammalian expression系で）と考えてしまっても大丈夫でしょうか？

(無題) 削除/引用 No.11651-3 - 2023/07/25 (火) 01:43:44 - おお 正確に予想がつかないと問われるとまあYesと答えるかなと思います。 詳しく調べるとどうも２つのStartコドンがあるだろうという論文も見かけますので、 PMID: 26472339 DOI: 10.1007/s00018-015-2060-6 また、ATGじゃなくてCTGから始まることもあって、CTGがAlternative start codonになっている場合もあります。 PMID: 31167133 DOI: 10.1016/j.celrep.2019.05.024 PMID: 9032273 PMCID: PMC231871 DOI: 10.1128/MCB.17.3.1459 データーベース上では予測的なものも含みますから、例えば一番長いものをとるとかそういう作業することもありますし、また、実験的にクローニングされたｃDNAが２番目の開始コドンだけ含んでいて、それで発現したので全長という認識の事もあるかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.11651-2 - 2023/07/24 (月) 23:37:49 - SYBR master 転写(mRNA)では無く、翻訳(protein)開始位置ですよね？質問内容見ると。 真核生物では、mRNAのCapにリボゾームがくっついて、そこからリボゾームがmRNAをスキャンしてfirst ATGから翻訳開始するのが、基本の翻訳メカニズムです。 ただ、これはあくまで基本的なルールで、たしかウイルスで最初に見つかったIRES (internal ribosomal entry sequence)によって、capに依存せずに一部のmRNAはfirst ATGでは無く、IRESの後部にあるATGから翻訳開始されることがあることが解っています。この情報を元に、たしかIRESはウイルスだけでは無く、細胞の極限状況下での遺伝子発現に関わる遺伝子には見つかっているという、記述を見たことがあります。

転写開始位置予測について 削除/引用 No.11651-1 - 2023/07/24 (月) 21:01:35 - TE とあるタンパク質の配列を調べたところ、NCBI-Proteinでは最初のATGから翻訳した配列を、UniProtでは2つめのATGからのものを出していました。どちらも、それ１つでalternative sequenceはありませんでした。思い返せば、前にもほかのタンパクでもそういう不一致を見たことがありました。翻訳開始位置は正確には予想つかないものなのでしょうか？どちらが正しいかわからない場合、5'UTRも含めて発現ベクターに組み込めば、本来の正しい位置で翻訳開始されると考えてもいいのでしょうか？ よろしくお願いいたします。

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