>[Re:1] AAAさんは書きました :
> いつも勉強させてもらっています。ペプチドの設計についての相談です。
> 現在、自分で設計して合成したペプチドを水溶液にして、細胞培養の培地に添加して実験しています。目的としている効果はあるのですが、若干懸念があります。
> 現在のペプチドはN末端に疎水性のアミノ酸8残基、C末端側に親水性のアミノ酸8残基（全て塩基性）が偏って配列しています。
> 全体の50％が親水性のアミノ酸なので、水に溶けるは溶けるのですが、N末端側に疎水性アミノ酸がブロック状に存在するので、水溶液中で自己集合を起こしているのではないかと懸念しています。
懸念というのはわからなく無いのですが、実際に自己集合を起こしてないなら配列をいじるのは意味がない、場合によっては改悪ではないですか？現状効果があるわけだし。
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> もっと確実なのは疎水性のブロックのなかに2~3残基ごとに親水性アミノ酸を挟むのが良いのではないかと思うのですが、あまりやりすぎると、ペプチド本来の性能が損なわれそうです。
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プリオンのようなベーターシート自己集合体ができやすい配列として、親水性アミノ酸が分布しで電荷がなくヘリックスのような構造を形成しないという条件を探すアルゴリズムがあります。親水性を所々入れれば大丈夫とも言えないような気がします。
アミノ酸の疎水性の多いものでもペプチド結合の部分は電荷が偏って親水性だし、、、
また、培地の中というのは複雑な成分で成り立っていて、脂質など疎水性の強い部分があるものも存在するわけだし。また、その疎水性の部分が細胞膜とのさよう、透過性など担っていたらより親水性にするのは本末転倒ですよね。
いい構造予測ができるものが有れば楽かもしれません。 |
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