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FFPEからのRNA抽出に関して トピック削除
No.11677-TOPIC - 2023/08/02 (水) 14:55:02 - seko
FFPE切片からRNA抽出をしてDV200を測定しようとしております。

FFPE切片を作成してからRNA抽出まで一週間くらい保存してもRNAの質に影響は出ないでしょうか?


また、切片の状態での保存は室温で問題ないでしょうか?

空気に触れる状態でおいておくことでRNA抽出にどのくらいの影響があるのかわからず、ご質問させいてただきました。

どうぞ宜しくお願い致します。
 
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(無題) 削除/引用
No.11677-2 - 2023/08/03 (木) 03:40:15 - たこ助
経験はそれほどないですが、参考までに。

ブロックを作成した時の固定条件やら色々と質の決定要因はあると思いますが、基本的に薄切後にすぐ作業をする方が、まだ質的にまともなモノを取れてきたことが多いです。
自分のところで作成したブロックから切り出すのなら、1週間も置かずにすぐやる方がいいです(経験上、そして精神衛生上)。
保存に関して私の場合は常に冷蔵でした。
共同研究で先方から送られてくる、あるいは薄切を外注というのもあるかもしれませんが、可能であれば冷蔵の輸送を指定していました。

ただまあ真夏のクソ暑い時期に常温で送られてきたこともありましたが(おそらく作成後数日経過している)、取れるものは取れていましたし、DV200もRNAseqになんとか使えるレベル(DV200=35%程度)のものもレアケースですがありました。

FFPEからのRNA抽出に関して 削除/引用
No.11677-1 - 2023/08/02 (水) 14:55:02 - seko
FFPE切片からRNA抽出をしてDV200を測定しようとしております。

FFPE切片を作成してからRNA抽出まで一週間くらい保存してもRNAの質に影響は出ないでしょうか?


また、切片の状態での保存は室温で問題ないでしょうか?

空気に触れる状態でおいておくことでRNA抽出にどのくらいの影響があるのかわからず、ご質問させいてただきました。

どうぞ宜しくお願い致します。

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